Le CASP Pourrait Être Interrompu ! L'avenir Du Concours De Prédiction De La Structure Des Protéines Est Incertain En Raison De La Réduction Du Financement Du NIH.
Un concours intitulé « Évaluation critique de la prédiction de la structure des protéines » risque d'être interrompu——C'était le CASP, la compétition leader du secteur dans laquelle AlphaFold a remporté le championnat.
Le 2 juillet, heure de l'Est, Science a publié un rapport exclusif indiquant que le financement du CASP par les National Institutes of Health (NIH) était épuisé. Bien que l'Université de Californie à Davis (UC Davis), qui gère les fonds du projet, ait fourni un soutien d'urgence, celui-ci sera également épuisé le 8 août, et le CASP est confronté à une crise de suspension. Le directeur du CASP, Krzysztof Fidelis, a déclaré avoir reçu la semaine dernière un préavis de résiliation de 45 jours de l'UC Davis.
Il est rapporté que,Les organisateurs du CASP ont soumis une demande de renouvellement de 800 000 $ l’année dernière.Les organisateurs de l'événement recherchent actuellement de toute urgence des sources de financement alternatives auprès de fondations et d'autres pays, a déclaré John Moult, cofondateur du CASP et professeur à l'Université du Maryland.
« Si le CASP est abandonné, ce sera une grande perte pour la communauté des sciences biologiques. »Jianlin Cheng, expert en modélisation des protéines à l'Université du Missouri, a déclaré : « Le CASP est le concours scientifique le plus réussi et le plus prestigieux au monde. Ce concours promeut non seulement des projets d'IA tels que RosettaFold et AlphaFold de Google DeepMind, mais continue également d'élargir le champ de ses sujets de compétition, notamment en organisant des concours de prédiction sur la liaison des molécules médicamenteuses aux protéines cibles, un élément crucial pour le développement de nouveaux médicaments. On peut dire que le CASP continue d'avoir un impact profond sur de nombreux domaines de la recherche scientifique. »
16 événements en 30 ans, témoins de l'essor de l'industrie
En tant que concours international organisé tous les deux ans, le CASP, qui a eu lieu pour la première fois en 1994, a été le témoin d'innombrables réalisations industrielles importantes en plus de 30 ans et a bien reflété les tendances de développement dans le domaine de la biologie.
Le cœur de ce concours est d’évaluer de manière indépendante la capacité de divers modèles informatiques à résoudre les problèmes de repliement des protéines.Il s'agit de prédire comment une chaîne linéaire d'acides aminés se replie en une structure tridimensionnelle dotée d'une fonction spécifique. Les candidats doivent prédire le modèle structural d'une protéine en se basant uniquement sur sa séquence d'acides aminés, sans données expérimentales. Ces prédictions seront ensuite comparées aux structures réelles résolues en laboratoire par des méthodes telles que la cristallographie aux rayons X ou la cryomicroscopie électronique afin d'en évaluer la précision.
Au départ, cette tâche était extrêmement difficile, et les équipes de recherche impliquées dans la prédiction de la structure des protéines prétendaient souvent avoir réalisé des avancées majeures. L'objectif du CASP était de fournir une plateforme équitable et ouverte permettant une comparaison directe de toutes les méthodes de prédiction afin de trouver des approches techniques offrant de meilleurs résultats concrets, favorisant ainsi le développement de ce domaine. Comme l'a déclaré Nick Grishin, biochimiste au Centre médical Southwestern de l'Université du Texas : « Chacun pense que sa méthode est la meilleure, et c'est la nature humaine. »Lorsque différentes méthodes sont véritablement mises sur la même scène, nous pouvons voir où elles échouent, et ce sont ces échecs qui font progresser la science.
Si l'on considère l'évolution du concours au cours des dernières décennies, des normes strictes de tests à l'aveugle et des mécanismes d'évaluation communautaire ont été mis en place en 1994, puis deux volets, la modélisation libre et la modélisation basée sur des modèles, ont été introduits en 2006 afin de promouvoir le développement de la diversité des algorithmes. En 2018, Google DeepMind a présenté la première génération d'AlphaFold au CASP13, ce qui a suscité un vif intérêt. Deux ans plus tard, DeepMind a de nouveau participé au concours et AlphaFold2 a impressionné le public. Sa précision de prédiction était proche de la structure expérimentale pour la première fois, provoquant un choc mondial et étant considéré comme ayant « résolu fondamentalement le problème de la prédiction de la structure des protéines ».
Le professeur Zheng Wei de l'Université de Nankai, qui a participé à de nombreuses reprises au concours CASP, a déclaré lors d'une interview exclusive avec HyperAI : « AlphaFold2 a parfaitement intégré les résultats de haute qualité et l'expérience de l'équipe de recherche universitaire, et a investi davantage d'énergie dans l'entraînement du modèle pour trouver la solution optimale. Les performances d'AlphaFold2 sont vraiment révélatrices. »
Le succès d'AlphaFold2 a également, dans une certaine mesure, propulsé ce pionnier du développement technologique reconnu par l'industrie vers une dimension plus large. Après l'attribution du prix Nobel 2023 à David Baker, Demis Hassabis et John M. Jumper, la popularité de l'IA pour la science a explosé et la concurrence dans le domaine du CASP s'est intensifiée.
Selon le professeur Zheng Wei, qui a participé au CASP16 et remporté plusieurs championnats, la compétition de cette année est « plus compétitive et plus difficile ». Tout d'abord, le nombre d'équipes participantes est nettement plus élevé que les années précédentes.« Cette année devrait être l’année avec le plus grand nombre d’équipes participantes depuis le lancement de la compétition.Et comme il se concentre principalement dans le milieu universitaire, avec la participation de nombreux anciens CASPers expérimentés, la compétition est très rude. Deuxièmement, la difficulté du concours s'est accrue. D'une part, cela symbolise l'amélioration technique globale dans le domaine de la prédiction de la structure des protéines et, d'autre part, cela confirme que les besoins de l'industrie sont plus clairs. Le concours de cette année est donc davantage axé sur les problèmes biologiques pratiques.
Il a été rapporté que dans CASP16,209 équipes du monde entier ont non seulement remis en question la prédiction structurelle d'une seule protéine,Nous tentons également de résoudre des structures tridimensionnelles plus complexes telles que les molécules d'ARN, les complexes protéiques, les conjugués médicament-protéine et les multiples conformations que peuvent présenter les protéines désordonnées.
Comme d'habitude, un nouveau concours CASP aura lieu en 2026. Cependant, en raison de la date limite fixée par le NIH, l'avenir de ce concours industriel à forte teneur en or est incertain. Si le NIH ne répond pas avant longtemps, d'autres institutions ou entreprises pourraient-elles apporter leur aide ?
Les internautes appellent DeepMind à se manifester
Comme nous le savons tous, depuis sa prise de fonction à la tête du Département de l'efficacité gouvernementale des États-Unis (DOGE) en janvier 2025, Musk a commencé à réduire drastiquement les dépenses du gouvernement fédéral, en fermant des agences, en licenciant des employés, en supprimant des contrats... Près de 30 agences gouvernementales, dont l'Agence des États-Unis pour le développement international (USAID), les National Institutes of Health (NIH), le ministère de l'Éducation, la National Science Foundation (NSF) et la National Aeronautics and Space Administration (NASA), ont été touchées, ce qui a également affecté indirectement la recherche normale en science, en médecine et dans d'autres domaines.
À ce jour, bien qu'Elon Musk se soit progressivement retiré du DOGE et que les NIH aient annoncé qu'ils reprendraient le financement d'environ 900 projets financés, les conséquences ne se sont pas encore estompées et on ignore encore si le CASP pourra continuer à recevoir des financements. Cette affaire a également suscité une large attention de la part des acteurs du secteur. Sergey Ovchinnikov, professeur adjoint au département de biologie du Massachusetts Institute of Technology, a relayé l'article de Science sur son compte personnel.Il a demandé : « Y a-t-il quelqu'un avec assez d'argent qui est prêt à soutenir cette compétition peut-être la plus importante du siècle ? »
Parmi les suggestions dans la section des commentaires, certains ont pensé au PDG de Stripe, Patrick Collison, d'autres ont interpellé Demis Hassabis et John M. Jumper, et certains ont même directement souligné que « DeepMind devrait faire un don généreux ».
Le biologiste Roland Dunbrack du DUNBRACK LAB a directement nommé Google et DeepMind pour le financement du CASP, affirmant qu'il dispose de ressources suffisantes « et a grandement bénéficié des efforts de John Moult, Krzysztof Fidelis, Andriy Kryshtafovych, Nick Grishin et d'autres. »
Roland Dunbrack fait directement appel à Google et DeepMind pour financer CASP
Des entreprises comme Google, bien financées et reconnues pour leur potentiel de développement de l'IA pour la science, constituent assurément le meilleur choix pour le CASP. Cependant, lorsque le financement provient d'entreprises, il peut également engendrer une série de défis et de risques : l'équité de cette compétition peut-elle être véritablement garantie ? Concernant le choix des sujets de concours, ces derniers sont-ils fidèles à l'évolution du secteur ou sont-ils biaisés par les entreprises et les investisseurs ?
À l'heure actuelle, l'orientation du CASP reste floue. Nous espérons sincèrement que ce concours, qui a permis de nombreuses avancées majeures, continuera d'orienter le développement du secteur.
Références :