AutoDock-GPU_Outputは、AutoDock-GPUの実行によって生成されるサンプルのドッキング出力ログ（.dlg）です。結合エネルギー、コンフォメーションのクラスタリング、最終的なリガンドの姿勢などの情報が含まれています。ドッキング結果の解析のための参照データセットとして機能し、結果の解析方法を学習したり、環境設定が正常かどうかを確認したりするために使用できます。

関連する論文結果は「GPUと勾配ベースの局所探索によるAutoDock4の高速化2021年にDiogo Santos-Martinsらによって出版された「」。

AutoDock-GPUは、AutoDock 4.2のGPUアクセラレーション版です。遺伝的アルゴリズムを並列化することで分子ドッキング速度を向上させ、従来のCPU処理と比較して10～50倍のパフォーマンス向上を実現します。仮想薬物スクリーニングやタンパク質-リガンド結合モード予測などに広く利用されています。

その機能は次のとおりです:

• CUDA、OpenCL、SYCL をサポートし、NVIDIA/AMD/Intel GPU およびマルチコア CPU と互換性があります。
• ADADELTA や Solis-Wets などのローカル検索方法をサポートします。
• バッチ仮想フィルタリングと自動検索停止戦略をサポート
• 医薬品設計研究やスーパーコンピューティングのパフォーマンスベンチマークでよく使用されます。

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データセットは以下に保存されます examples/output 真ん中：

examples/output/
├── ocladock_cpu_1stp_nrun100.dlg
├── ocladock_cpu_3ce3_nrun100.dlg
├── ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
└── ocladock_gpu_3ce3_nrun100.dlg

ファイル名の説明

| 文件名片段 | 含义说明 |
|---|---|
| `cpu` / `gpu` | 运行所使用的硬件设备类型 |
| `1stp` / `3ce3` | 对接所用的测试蛋白-配体体系名称 |
| `nrun100` | 运行的 LGA 对接轮数（如 100 次搜索）|

例：
ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
これは、GPU を使用して 1stp アーキテクチャで 100 回のドッキング検索が実行されたことを示しています。

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コンテンツの説明

ファイルには、次の内容を含む AutoDock-GPU の完全な実行結果が記録されます。

| 内容模块 | 说明 |
|---|---|
| 运行参数与搜索设置 | 遗传算法参数、局部优化算法、变异率等 |
| 结合能与评分 | 包含预测的结合自由能（Binding Energy）|
| 构象聚类分析 | 根据 RMSD 对所有构象进行聚类结果列表 |
| 最优构象坐标 | 最终配体坐标，可用于可视化展示 |

.dlg プレーンテキスト形式なので、直接開いて表示できます。

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使い方

必要	メソッドとコマンド
ドッキングエネルギーを確認する	直接 less file.dlg またはテキストエディタで開く
最適なコンフォメーションの抽出（PDBQT）	実行時ドッキング中に追加 --gbest 1
視覚化のためにPDBに変換する	obabel pose.pdbqt -O pose.pdb
リガンド姿勢の可視化	PyMOL / Chimera / AutoDockTools の使用