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QEF_Benchmark 電子構造計算ベンチマークデータセット

日付

2日前

公開URL

github.com

ライセンス

MIT

QEF_benchmarkは、Quantum ESPRESSO Foundation(QEF)が公式に管理する高性能コンピューティング(HPC)性能検証およびテスト入力のセットです。第一原理電子アーキテクチャソフトウェアQuantum ESPRESSOの計算性能、スケーラビリティ、およびエネルギー効率を、異なるハードウェアプラットフォーム(CPU / GPU / ベクトルエンジン)および並列戦略(MPI / OpenMP / ハイブリッド)で評価するために使用されます。

このデータセットは、Quantum ESPRESSOのコアモジュール(pw.xやph.xなど)に基づいており、低分子から大規模な金属表面システムまで、様々な典型的な計算シナリオをカバーしています。HPC環境向けの標準化されたテストタスクを提供し、計算ノードのパフォーマンス、コンパイラの最適化、並列効率の検証における事実上の標準となっています。


データセットの構造

データセットは公式 GitHub リポジトリの benchmarks/ ディレクトリにあり、全体的なディレクトリ構造は次のとおりです。

  bash
benchmarks/
 ├── AUSURF112/        # Au (111) 表面 112 原子基准(中型 DFT 测试)
 ├── ALCHEMI/          # 电子态投影 ALCHEMI 分析基准
 ├── C60/              # 富勒烯体系(C60 分子)基准
 ├── GRAPHENE/         # 石墨烯平面结构基准
 ├── H2O-256/          # 256 个水分子体系(MD/SCF 性能测试)
 ├── Si256/            # 硅超胞体系(并行扩展性基准)
 ├── Si512/            # 更大规模硅体系,用于强扩展测试
 ├── NITROGEN/         # 氮分子能带与电子密度基准
 ├── WATER_MOLECULE/   # 小体系 DFT 验证(入门与功能测试)
 ├── README.md         # 官方基准使用说明

各サブディレクトリには次のものが含まれます。

  • 入力ファイル (.in): Quantum ESPRESSO モジュールのメイン制御ファイル。
  • 擬ポテンシャル ファイル (.UPF): システムに必要な擬ポテンシャル。
  • 参照出力(.out):標準結果の比較。
  • スクリプト ファイル (.sh): スクリプトを並列で実行する例 (Slurm または MPI 環境など)。

データセットの内容

  • AUSURF112: DFT(SCF)、112個の原子を含む金表面Au(111)は、中規模システムのFFTパフォーマンスと並列通信効率をテストするために使用されます。
  • CNT10POR8: DFT (Relax)、(10,8) カーボンナノチューブ システム。大規模システムでの SCF 収束とメモリ使用量の評価に使用されます。
  • GRIR443 / GRIR686: DFT (SCF)、マルチノード並列処理と FFT 通信パフォーマンスの評価に使用されるグラフェン/イリジウム (111) インターフェース システム (443 および 686 原子)。
  • PHONON: DFPT (ph.x) は、多結晶シリコン、石英、LaO、CrI₃ などのシステムで、フォノン コンピューティングおよび線形応答モジュールのパフォーマンスをテストするために使用されます。
  • PSIWAT: ハイブリッド DFT (EXX) は、ハイブリッド機能コンピューティングにおける通信とメモリのパフォーマンスを評価するために使用される水分子システムです。
  • その他の入力: 機能検証およびテスト入力参照には、追加のシステム (CuO、H₂O など) が使用されます。
  • 小規模ベンチマーク: DFT / Relax、小規模な多元素システム (Si、C、Fe、H₂O など) 用。自動実行スクリプトと擬似ポテンシャル ファイルが含まれており、迅速なパフォーマンス回帰、単一ノードの効率評価、コンパイル最適化テストに使用されます。

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