NAMD は Nanoscale Atomistic Molecular Dynamics の略で、ナノスケールでの原子レベルの分子動力学をシミュレートするプログラムです。

NAMDベンチマークデータセットは、ハイパフォーマンスコンピューティング（HPC）環境向けに特別に設計されたパフォーマンスベンチマーク入力とプロファイルのセットです。分子動力学シミュレーションソフトウェアNAMDのパフォーマンスを、さまざまなハードウェアプラットフォーム、並列モード（MPI、GPU、Charm++）、およびコンパイル最適化設定で評価するために使用されます。

このデータセットには、科学的実験データやシミュレーション結果とは異なり、科学的分析のためのシミュレーション出力ではなく、システムの計算パフォーマンス (速度、スケーラビリティ、効率) を測定するために使用される標準化されたベンチマーク入力/構成パッケージが含まれています。
このベンチマークは、NAMD 公式チーム (イリノイ大学アーバナ・シャンペーン校の理論および計算生物物理学グループと並列プログラミング研究所) によって管理されています。

関連する論文結果は「NAMDによるスケーラブルな分子動力学「...」というタイトルのデータセットは、2005 年に Phillips らによってリリースされました。このデータセットのバージョンは「...」です。NAMD 3.0 ベータ 6 GPU 常駐ベンチマーク結果”。

データセットの構造

このデータセットには通常、次のものが含まれます。

• .namd はメインの入力ファイルです (シミュレーション パラメータを制御します)。
• .psf および .pdb 構造ファイル（システム トポロジと座標）
• .prm / .top 力場パラメータファイル（CHARMM 形式）
• スクリプトを実行してREADMEを読む

データセットの内容

このデータセットには、さまざまなスケールと並列モードでのパフォーマンステスト用の代表的な分子システムがいくつか含まれています。

• APOA1
• システム: APOA1タンパク質 + 溶媒システム
• 原子の数: 約92,000個
• 機能: 中規模のベンチマーク システム。CPU と GPU の混合モード テストによく使用されます。
• STMV
• システム: サテライトタバコモザイクウイルス
• 原子の数: 約1,066,628個
• 機能: NAMD で最も一般的に使用されるパフォーマンス標準システム。大規模な並列パフォーマンス テストに使用されます。
• STMV_21M / STMV_224M
• システム: STMVの拡張コピー
• 原子の数：約2100万個/2億2400万個
• 機能: 超並列コンピューティングのスケーラビリティをテストするために使用されます。
• F1-ATPase
• システム: F1-ATPase酵素反応速度論シミュレーションシステム
• 特徴: エネルギー計算と制約アルゴリズムの効率を評価するために使用される複雑なタンパク質システム。

使用説明書

• これらのベンチマーク ファイルはパフォーマンスのテストと検証に使用され、科学的な分析結果は含まれていません。
• 単一ノード (CPU/GPU) またはマルチノード (MPI) 環境で実行して、異なるハードウェアまたはバージョンの効率を比較できます。
• ユーザーは、入力パラメータを変更することで、さまざまなタイミング長、カットオフ半径、または PME 設定がパフォーマンスに与える影響をテストできます。
• 公式ページで提供されるログ結果は、システム構成の正確性を検証するためのベンチマークとして使用できます。