AutoDock-GPU_Output ist ein Beispiel-Docking-Ausgabeprotokoll (.dlg), das durch Ausführen von AutoDock-GPU generiert wird. Es enthält Informationen wie Bindungsenergie, Konformationsclustering und die finale Ligandenposition. Es dient als Referenzdatensatz für die Auswertung von Docking-Ergebnissen und kann verwendet werden, um die Ergebnisauswertung zu erlernen und die korrekte Konfiguration der Umgebung zu überprüfen.

Die relevanten Papierergebnisse sindBeschleunigung von AutoDock4 mit GPUs und gradientenbasierter lokaler Suche", veröffentlicht von Diogo Santos-Martins et al. im Jahr 2021.

AutoDock-GPU ist eine GPU-beschleunigte Version von AutoDock 4.2. Durch die Parallelisierung genetischer Algorithmen wird die Geschwindigkeit des Moleküldockings verbessert, wodurch eine 10- bis 50-fache Leistungssteigerung im Vergleich zur herkömmlichen CPU-Ausführung erzielt wird. Es wird häufig für virtuelles Wirkstoff-Screening und die Vorhersage von Protein-Ligand-Bindungsmodi eingesetzt.

Zu seinen Merkmalen gehören:

• Unterstützt CUDA, OpenCL und SYCL; kompatibel mit NVIDIA/AMD/Intel GPUs und Mehrkernprozessoren.
• Unterstützt lokale Suchmethoden wie ADADELTA und Solis-Wets.
• Unterstützt virtuelle Batch-Filterung und automatische Suchstoppstrategie
• Wird häufig in der Wirkstoffforschung und beim Benchmarking der Supercomputerleistung eingesetzt.

Der Datensatz ist gespeichert in examples/output Mitte:

examples/output/
├── ocladock_cpu_1stp_nrun100.dlg
├── ocladock_cpu_3ce3_nrun100.dlg
├── ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
└── ocladock_gpu_3ce3_nrun100.dlg

Erklärung der Dateibenennung

| 文件名片段 | 含义说明 |
|---|---|
| `cpu` / `gpu` | 运行所使用的硬件设备类型 |
| `1stp` / `3ce3` | 对接所用的测试蛋白-配体体系名称 |
| `nrun100` | 运行的 LGA 对接轮数（如 100 次搜索）|

Beispiel:
ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
Dies bedeutet, dass 100 Docking-Suchen auf der 1stp-Architektur mit Hilfe der GPU durchgeführt wurden.

Inhaltsbeschreibung

Die Datei protokolliert die vollständigen Ausführungsergebnisse von AutoDock-GPU, einschließlich:

| 内容模块 | 说明 |
|---|---|
| 运行参数与搜索设置 | 遗传算法参数、局部优化算法、变异率等 |
| 结合能与评分 | 包含预测的结合自由能（Binding Energy）|
| 构象聚类分析 | 根据 RMSD 对所有构象进行聚类结果列表 |
| 最优构象坐标 | 最终配体坐标，可用于可视化展示 |

.dlg Es liegt im Klartextformat vor und kann direkt geöffnet und angezeigt werden.

Anleitung zur Verwendung