NAMD steht für Nanoscale Atomistic Molecular Dynamics und ist ein Programm zur Simulation molekularer Dynamik auf atomarer Ebene im Nanobereich.

Der NAMD-Benchmark-Datensatz ist eine Sammlung von Leistungsbenchmark-Eingaben und -Profilen, die speziell für Hochleistungsrechnerumgebungen (HPC) entwickelt wurden. Er dient zur Bewertung der Leistung der Molekulardynamik-Simulationssoftware NAMD auf verschiedenen Hardwareplattformen, in unterschiedlichen Parallelisierungsmodi (MPI, GPU, Charm++) und mit verschiedenen Optimierungseinstellungen für die Kompilierung.

Anders als bei wissenschaftlichen experimentellen Daten oder Simulationsergebnissen enthält dieser Datensatz standardisierte Benchmark-Eingabe-/Konfigurationspakete, die zur Messung der Rechenleistung (Geschwindigkeit, Skalierbarkeit und Effizienz) eines Systems verwendet werden, und nicht Simulationsausgaben für wissenschaftliche Analysen.
Dieser Benchmark wird vom offiziellen NAMD-Team gepflegt – der Theoretical and Computational Biophysics Group und dem Parallel Programming Laboratory der University of Illinois Urbana-Champaign.

Die relevanten Papierergebnisse sindSkalierbare Molekulardynamik mit NAMDDer Datensatz wurde 2005 von Phillips et al. veröffentlicht. Die Version des Datensatzes ist "".NAMD 3.0 Beta 6 GPU-basierte Benchmark-Ergebnisse".

Datensatzstruktur

Dieser Datensatz enthält typischerweise:

• Die Datei .namd ist die Haupteingabedatei (sie steuert die Simulationsparameter).
• .psf- und .pdb-Strukturdateien (Systemtopologie und Koordinaten)
• .prm- / .top-Kraftfeldparameterdateien (CHARMM-Format)
• Skript ausführen und README lesen

Datensatzinhalt

Dieser Datensatz enthält mehrere repräsentative Molekülsysteme für Leistungstests in verschiedenen Maßstäben und parallelen Betriebsmodi.

• APOA1
• System: APOA1-Protein + Lösungsmittelsystem
• Anzahl der Atome: Ungefähr 92.000
• Merkmale: Mittelgroßes Benchmark-System, das häufig für gemischte Tests von CPU und GPU verwendet wird.
• STMV
• System: Satelliten-Tabakmosaikvirus
• Anzahl der Atome: Ungefähr 1.066.628
• Merkmale: Das am häufigsten verwendete Leistungsstandardsystem von NAMD, das für groß angelegte parallele Leistungstests eingesetzt wird.
• STMV_21M / STMV_224M
• System: Eine erweiterte Kopie von STMV
• Anzahl der Atome: Ungefähr 21 Millionen / 224 Millionen
• Merkmale: Wird verwendet, um die Skalierbarkeit massiv paralleler Computer zu testen.
• F1-ATPase
• System: Kinetiksimulationssystem für das F1-ATPase-Enzym
• Merkmale: Komplexes Proteinsystem zur Bewertung der Effizienz von Energieberechnungs- und Beschränkungsalgorithmen.

Anweisungen

• Diese Benchmark-Dateien dienen der Leistungsprüfung und -verifizierung und enthalten keine wissenschaftlichen Analyseergebnisse.
• Es kann in Einzelknoten- (CPU/GPU) oder Mehrknoten-Umgebungen (MPI) ausgeführt werden, um die Effizienz verschiedener Hardware oder Versionen zu vergleichen.
• Durch Ändern der Eingabeparameter können die Nutzer die Auswirkungen unterschiedlicher Zeitdauern, Abschneideradien oder PME-Einstellungen auf die Leistung testen.
• Die auf der offiziellen Seite bereitgestellten Protokollergebnisse können als Vergleichswert verwendet werden, um die Korrektheit der Systemkonfiguration zu überprüfen.