将诱导多能干细胞（iPSCs）分化为特定类型的细胞，对于揭示细胞类型特异性的分子机制以及研究细胞功能至关重要。虽然转录因子筛选技术已经能够高效生成某些类型的细胞，但要构建需要复杂转录因子组合的细胞类型仍然具有挑战性。在此，我们报告了一种迭代式高通量单细胞转录因子筛选方法，该方法可用于识别驱动特定细胞分化的关键转录因子组合，并通过诱导人源类小胶质细胞的分化进行了验证。我们发现，仅表达六个转录因子 —— SPI1、CEBPA、FLI1、MEF2C、CEBPB 和 IRF8，就足以在 4 天内将人类 iPSC 分化为在转录组和功能上与原代人小胶质细胞高度相似的细胞。此外，我们还开发了一种新的计算方法，可用于分析来源于转录因子扰动实验的单细胞 RNA 测序数据，从而构建因果性的基因调控网络，为未来的细胞命运工程提供理论基础和指导。