我们提出了JAM-2，这是一种通用的从头蛋白质设计系统，首次实现了具有类药物亲和力和可开发性的VHH-Fc抗体及全长单克隆抗体（mAb）的高效设计，同时在前所未有的靶点和表位广度下，达到了双位数的成功率。在16个未见过的靶点中，JAM-2成功获得了全部靶点的结合分子，平均成功率达39%（VHH-Fc）和18%（mAb）。仅通过每种格式45个设计，JAM-2即在一半靶点上获得了皮摩尔级或个位数纳摩尔级的结合亲和力。在另外10个靶点上，每个靶点设有20个用户指定的表位，JAM-2在其中一半靶点上成功生成了针对30%至70%表位的VHH-Fc结合分子。尤为突出的是，JAM-2在天然细胞环境中直接针对趋化因子受体GPCR CXCR4和CXCR7设计出抗体结合分子，成功率分别为11.7%和3.8%，其中最优设计的亲和力达到个位数纳摩尔级。对数百个从头设计分子进行的可开发性分析——这是迄今计算设计生物药领域规模最大的可开发性数据集——显示，超过一半的设计满足核心行业标准，许多顶级设计展现出具备先导化合物质量的特性，无需进一步优化。这些结果表明，JAM-2已成为当前最先进的从头抗体设计系统，也是首个可直接用于药物发现前沿的系统，其性能可与甚至超越传统发现方法。