NAMD 全称为 Nanoscale Atomistic Molecular Dynamics，即「纳米尺度原子级分子动力学模拟程序」。

NAMD Benchmark 数据集是一组专为高性能计算（HPC）环境设计的性能基准输入与配置文件集合，用于评估分子动力学模拟软件 NAMD 在不同硬件平台、并行模式（MPI 、 GPU 、 Charm++）以及编译优化设置下的运行性能。

与科学实验数据或模拟结果不同，本数据集包含的是标准化的输入与配置包（benchmark input/configuration packages），用于衡量系统的计算性能（速度、扩展性与效率），而非用于科学分析的模拟输出。
该基准由 NAMD 官方团队——伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校（University of Illinois Urbana-Champaign）的 Theoretical and Computational Biophysics Group（理论与计算生物物理学组）与 Parallel Programming Laboratory（并行程序设计实验室）共同维护。

相关论文成果为「Scalable molecular dynamics with NAMD」，由 Phillips 等人于 2005 年发布。该数据集版本为「NAMD 3.0 beta 6 GPU-resident benchmarking results」。

数据集结构

该数据集的通常包含：

• .namd 主输入文件（控制模拟参数）
• .psf 、.pdb 结构文件（体系拓扑与坐标）
• .prm / .top 力场参数文件（CHARMM 格式）
• 运行脚本与 README

数据集内容

该数据集包含多个具有代表性的分子体系，用于在不同规模与并行模式下进行性能测试。

• APOA1
• 体系：APOA1 蛋白质 + 溶剂体系
• 原子数：约 92,000
• 特点：中等规模基准体系，常用于 CPU 与 GPU 混合模式测试。
• STMV
• 体系：卫星烟草花叶病毒（Satellite Tobacco Mosaic Virus）
• 原子数：约 1,066,628
• 特点：NAMD 最常用的性能标准体系，用于大规模并行性能测试。
• STMV_21M / STMV_224M
• 体系：STMV 的扩展复制版本
• 原子数：约 2,100 万 / 2.24 亿
• 特点：用于测试超大规模并行计算的可扩展性。
• F1-ATPase
• 体系：F1-ATPase 酶动力学模拟体系
• 特点：复杂蛋白体系，用于评估能量计算与约束算法效率。

使用说明

• 这些 benchmark 文件用于性能测试与验证，并不包含科学分析结果。
• 可在单节点（CPU / GPU）或多节点（MPI）环境下运行，用于比较不同硬件或版本的效率。
• 用户可通过修改输入参数测试不同步长、截断半径或 PME 设置对性能的影响。
• 官方页面提供的日志结果可作为对照标准，用于验证系统配置正确性。