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STARmap&MERFISH 小鼠细胞-基因对数据集

日期

1 年前

大小

22.9 GB

论文链接

www.cell.com

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该数据集为论文「Tissue module discovery in single-cell-resolution spatial transcriptomics data via cell-cell interaction-aware cell embedding」中,所使用的其中两个小鼠细胞-基因对数据集:MERFISH 小鼠数据集和 STARmap 小鼠数据集。

该研究对两个数据集进行了预处理:

  • 对于 STARmap 小鼠 PLA 数据集,标准化的细胞-基因矩阵由原始论文提供并进行了对数转换。
  • 对于 MERFISH 小鼠 AB 数据集,从 CELL x GENE 库获得基因计数矩阵。每个细胞的总计数标准化为 10,000,然后对标准化的细胞-基因矩阵进行对数转换。
STARmap+MERFISH.torrent
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