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Pan-Cancer scRNA-Seq 癌症单细胞转录图谱数据集

日期

4 天前

发布 URL

www.kaggle.com

许可证

CC BY 4.0

该数据集包含 7,930 个单细胞的转录组表达数据,涵盖三种不同生物学状态:健康免疫基线、液体肿瘤(髓样白血病)以及实体肿瘤微环境(黑色素瘤),旨在构建一个跨队列整合的单细胞分析基准,为算法性能评估与方法学对比、多队列批次效应校正(Batch Correction)、免疫耗竭状态分析、跨肿瘤类型生物标志物挖掘提供基准。

数据集构成:
1. Cohort A:健康免疫基线(约 2,700 个细胞)

  • 来源:10x Genomics PBMC3k
  • 生物学背景:健康供体外周血单个核细胞(PBMCs),作为免疫稳态对照基线
  • 作用:用于对比肿瘤相关免疫状态变化

2. Cohort B:液体肿瘤 / 髓样白血病(约 2,730 个细胞)

  • 来源:Paul et al., 2015
  • 生物学背景:髓样祖细胞及白血病相关细胞状态的单细胞转录组数据
  • 作用:代表血液系统恶性肿瘤模型

3. Cohort C:实体肿瘤微环境(约 2,500 个细胞)

  • 来源:Tumor Immune Cell Atlas (TICAtlas)
  • 生物学背景:来源于黑色素瘤等实体瘤微环境中的免疫细胞与恶性细胞,包括耗竭 T 细胞、巨噬细胞及肿瘤细胞
  • 作用:用于研究实体瘤免疫抑制与细胞异质性

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