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Pan-Cancer scRNA-Seq 癌症单细胞转录图谱数据集
该数据集包含 7,930 个单细胞的转录组表达数据,涵盖三种不同生物学状态:健康免疫基线、液体肿瘤(髓样白血病)以及实体肿瘤微环境(黑色素瘤),旨在构建一个跨队列整合的单细胞分析基准,为算法性能评估与方法学对比、多队列批次效应校正(Batch Correction)、免疫耗竭状态分析、跨肿瘤类型生物标志物挖掘提供基准。
数据集构成:
1. Cohort A:健康免疫基线(约 2,700 个细胞)
- 来源:10x Genomics PBMC3k
- 生物学背景:健康供体外周血单个核细胞(PBMCs),作为免疫稳态对照基线
- 作用:用于对比肿瘤相关免疫状态变化
2. Cohort B:液体肿瘤 / 髓样白血病(约 2,730 个细胞)
- 来源:Paul et al., 2015
- 生物学背景:髓样祖细胞及白血病相关细胞状态的单细胞转录组数据
- 作用:代表血液系统恶性肿瘤模型
3. Cohort C:实体肿瘤微环境(约 2,500 个细胞)
- 来源:Tumor Immune Cell Atlas (TICAtlas)
- 生物学背景:来源于黑色素瘤等实体瘤微环境中的免疫细胞与恶性细胞,包括耗竭 T 细胞、巨噬细胞及肿瘤细胞
- 作用:用于研究实体瘤免疫抑制与细胞异质性
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