Qingtian Zhu Yumin Zheng Yuling Sang Yifan Zhan Ziyan Zhu Ziyan Zhu et al

الملخص

الترانسكريبتوميات المكانية (ST) هي طريقة تلتقط فيها ملفات تعريف التعبير الجيني مُحاذاةً مع الإحداثيات المكانية. يُعد التوزيع المكاني المنفصل والنتائج المتسلسلة ذات الأبعاد الفائقة جدًا من العوامل التي تجعل بيانات ST صعبة النمذجة بشكل فعال. في هذا البحث، ننجح في نمذجة ST بطريقة مستمرة ومدمجة باستخدام الأداة المقترحة SUICA، والتي يتم تمكينها من قدرة التقريب الكبيرة للتمثيلات العصبية الضمنية (INRs)، حيث يمكن لهذه القدرة أن تعزز كلاً من الكثافة المكانية والتعبير الجيني. وبشكل ملموس داخل SUICA المقترحة، ندمج ترميزًا آليًا مدعمًا بالرسوم البيانية لنمذجة المعلومات السياقية للمواقع غير المنظمة بفعالية وتقديم تضمينات معلوماتية على دراية بالهيكل لخريطة التعبير المكاني. كما نعالج التوزيع شديد الانحراف باستخدام أسلوب التصنيف عن طريق الانحدار ونفرض دوال خسارة قائمة على التصنيف لتحسين SUICA. وقد أظهرت التجارب الواسعة التي أجريت على مجموعة متنوعة من المنصات الشائعة لـ ST تحت ظروف تدهور مختلفة أن SUICA تتفوق على كل من النسخ التقليدية من INR والطرق الرائدة في مجالها فيما يتعلق بالدقة العددية والارتباط الإحصائي والحفاظ البيولوجي. كما أن التنبؤات التي توفرها SUICA تبرز توقيعات جينية مضاعفة تعزز الحفاظ البيولوجي للبيانات الخام وتستفيد منها عمليات التحليل اللاحقة.