توجد البروتينات عادةً في مركبات، حيث تتفاعل مع بروتينات أخرى أو جزيئات حيوية لتأدية أدوارها البيولوجية المحددة. تم استكشاف نماذج البروتينات ذات السلسلة الواحدة بشكل واسع وعميق، مع وجود تقدم في نماذج مثل سلسلة ESM وألفا فولد 2 (AlphaFold2). ومع ذلك، لا يزال البحث والنمذجة حول البروتينات متعددة السلاسل غير مستكشف إلى حد كبير، رغم أهميتها في فهم الوظائف البيولوجية. وفي ضوء أهمية هذه التفاعلات، نقدم نموذج APM (نماذج البروتينات الشاملة للذرات)، وهو نموذج مصمم خصيصًا لنمذجة البروتينات متعددة السلاسل. من خلال دمج المعلومات على مستوى الذرة والاستفادة من البيانات حول البروتينات متعددة السلاسل، يمكن لنموذج APM أن يُمثِّل التفاعلات بين السلاسل بدقة ويصمم مركبات بروتينية جديدة تتمتع بقدرات ربط من الصفر. كما يقوم بأداء مهام الطي العكسي والطي للبروتينات متعددة السلاسل. بالإضافة إلى ذلك، يظهر APM مرونة في التطبيقات اللاحقة: فهو يحقق أداءً محسنًا من خلال التعديل الدقيق تحت الإشراف (SFT) بينما يدعم أيضًا العينة الأولى بدون تدريب سابق في بعض المهام، مما يجعله يحقق أفضل النتائج الحالية. لقد أطلقنا كودنا على الرابط https://github.com/bytedance/apm.