AutoDock-GPU_Output هو نموذج لسجل مخرجات الإرساء (.dlg) يُولّده تشغيل AutoDock-GPU. يحتوي على معلومات مثل طاقة الربط، وتجميع التكوينات، وموقف الربيطة النهائي. يُستخدم كمجموعة بيانات مرجعية لتحليل نتائج الإرساء، ويمكن استخدامه لتعلم تحليل النتائج والتحقق من صحة تكوين البيئة.

نتائج الورقة ذات الصلة هيتسريع AutoDock4 باستخدام وحدات معالجة الرسومات والبحث المحلي القائم على التدرج"، نشرها ديوغو سانتوس مارتينز وآخرون في عام 2021.

AutoDock-GPU هو إصدار مُسرّع من AutoDock 4.2 باستخدام وحدة معالجة الرسومات. يُحسّن هذا الإصدار سرعة الالتحام الجزيئي من خلال مواءمة الخوارزميات الجينية، مما يُحسّن الأداء بمقدار يتراوح بين 10 و50 ضعفًا مقارنةً بعمليات وحدة المعالجة المركزية التقليدية. ويُستخدم عادةً في فحص الأدوية افتراضيًا والتنبؤ بنمط ارتباط البروتين بالربيط.

وتشمل ميزاته ما يلي:

• يدعم CUDA وOpenCL وSYCL؛ متوافق مع وحدات معالجة الرسومات NVIDIA/AMD/Intel ووحدات المعالجة المركزية متعددة النواة.
• يدعم طرق البحث المحلية مثل ADADELTA وSolis-Wets.
• يدعم التصفية الافتراضية الدفعية واستراتيجية إيقاف البحث التلقائي
• يستخدم بشكل شائع في أبحاث تصميم الأدوية وقياس أداء الحوسبة الفائقة.

---

يتم تخزين مجموعة البيانات في examples/output وسط:

examples/output/
├── ocladock_cpu_1stp_nrun100.dlg
├── ocladock_cpu_3ce3_nrun100.dlg
├── ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
└── ocladock_gpu_3ce3_nrun100.dlg

شرح تسمية الملف

| 文件名片段 | 含义说明 |
|---|---|
| `cpu` / `gpu` | 运行所使用的硬件设备类型 |
| `1stp` / `3ce3` | 对接所用的测试蛋白-配体体系名称 |
| `nrun100` | 运行的 LGA 对接轮数（如 100 次搜索）|

مثال:
ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
يشير هذا إلى أنه تم إجراء 100 عملية بحث عن الالتحام على بنية 1stp باستخدام وحدة معالجة الرسوميات.

---

وصف المحتوى

يسجل الملف نتائج التشغيل الكاملة لبرنامج AutoDock-GPU، بما في ذلك:

| 内容模块 | 说明 |
|---|---|
| 运行参数与搜索设置 | 遗传算法参数、局部优化算法、变异率等 |
| 结合能与评分 | 包含预测的结合自由能（Binding Energy）|
| 构象聚类分析 | 根据 RMSD 对所有构象进行聚类结果列表 |
| 最优构象坐标 | 最终配体坐标，可用于可视化展示 |

.dlg إنه بتنسيق نص عادي ويمكن فتحه وعرضه مباشرة.

---

كيفية الاستخدام

يحتاج	الأساليب والأوامر
التحقق من طاقة الالتحام	مباشر less file.dlg أو افتح باستخدام محرر النصوص
استخراج التكوين الأمثل (PDBQT)	إضافة أثناء إرساء وقت التشغيل --gbest 1
التحويل إلى PDB للتصور	obabel pose.pdbqt -O pose.pdb
تصور وضعية الربيطة	استخدام PyMOL / Chimera / AutoDockTools