NAMD تعني Nanoscale Atomistic Molecular Dynamics، وهو برنامج لمحاكاة الديناميكيات الجزيئية على المستوى الذري على المستوى النانوي.

مجموعة بيانات NAMD Benchmark هي مجموعة من مدخلات وملفات تعريف أداء معيارية مصممة خصيصًا لبيئات الحوسبة عالية الأداء (HPC). تُستخدم لتقييم أداء برنامج محاكاة الديناميكيات الجزيئية NAMD في منصات أجهزة مختلفة، وأوضاع متوازية (MPI، وGPU، وCharm++)، وإعدادات تحسين التجميع.

على عكس البيانات التجريبية العلمية أو نتائج المحاكاة، تحتوي مجموعة البيانات هذه على حزم إدخال/تكوين معيارية تستخدم لقياس الأداء الحسابي (السرعة وقابلية التوسع والكفاءة) للنظام، بدلاً من مخرجات المحاكاة للتحليل العلمي.
يتم صيانة هذا المعيار من قبل الفريق الرسمي لـ NAMD - مجموعة الفيزياء الحيوية النظرية والحسابية ومختبر البرمجة المتوازية في جامعة إلينوي في أوربانا-شامبين.

نتائج الورقة ذات الصلة هيديناميكيات جزيئية قابلة للتطوير باستخدام NAMDتم إصدار مجموعة البيانات بواسطة فيليبس وآخرون في عام 2005. إصدار مجموعة البيانات هو "".نتائج اختبار الأداء المقيم في وحدة معالجة الرسومات في NAMD 3.0 beta 6".

بنية مجموعة البيانات

تحتوي مجموعة البيانات هذه عادةً على:

• .namd هو ملف الإدخال الرئيسي (يتحكم في معلمات المحاكاة).
• ملفات هيكلية .psf و.pdb (طوبولوجيا النظام والإحداثيات)
• ملفات معلمات مجال القوة .prm / .top (تنسيق CHARMM)
• قم بتشغيل البرنامج النصي وREADME

محتويات مجموعة البيانات

تحتوي مجموعة البيانات هذه على العديد من الأنظمة الجزيئية التمثيلية لاختبار الأداء بمقاييس مختلفة وفي أوضاع متوازية.

• خطة عمل أبوا 1
• النظام: نظام بروتين + مذيب APOA1
• عدد الذرات: حوالي 92000
• الميزات: نظام معياري متوسط الحجم، يستخدم غالبًا للاختبار المختلط لوحدة المعالجة المركزية ووحدة معالجة الرسومات.
• إس تي إم في
• النظام: فيروس فسيفساء التبغ الفضائي
• عدد الذرات: حوالي 1,066,628
• المميزات: نظام معايير الأداء الأكثر استخدامًا من NAMD، والذي يستخدم لاختبار الأداء المتوازي على نطاق واسع.
• STMV_21M / STMV_224M
• النظام: نسخة موسعة من STMV
• عدد الذرات: حوالي 21 مليون / 224 مليون
• المميزات: تستخدم لاختبار قابلية التوسع في الحوسبة المتوازية الضخمة.
• F1-ATPase
• النظام: نظام محاكاة حركية إنزيم F1-ATPase
• المميزات: نظام بروتيني معقد يستخدم لتقييم كفاءة حساب الطاقة وخوارزميات القيود.

تعليمات

• تُستخدم ملفات المعايير هذه لاختبار الأداء والتحقق منه ولا تحتوي على نتائج تحليل علمي.
• يمكن تشغيله في بيئات عقدة واحدة (وحدة المعالجة المركزية/وحدة معالجة الرسومات) أو بيئات متعددة العقد (MPI) لمقارنة كفاءة الأجهزة أو الإصدارات المختلفة.
• يمكن للمستخدمين اختبار تأثير أطوال التوقيت المختلفة، أو أقطار القطع، أو إعدادات PME على الأداء عن طريق تعديل معلمات الإدخال.
• يمكن استخدام نتائج السجل المقدمة على الصفحة الرسمية كمعيار للتحقق من صحة تكوين النظام.