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AlphaGenome: 통합된 DNA 시퀀스 모델을 활용한 규제 변이 효과 예측의 발전

\u017diga Avsec Natasha Latysheva Jun Cheng Guido Novati Kyle R. Taylor Tom Ward Clare Bycroft Lauren Nicolaisen

초록

DNA 시퀀스에서 기능적 게놈 측정을 예측하는 딥 러닝 모델은 유전학적 규제 코드를 해독하는 강력한 도구입니다. 기존 방법들은 입력 시퀀스 길이와 예측 해상도 사이에서 균형을 맞추는 과정에서 그들의 모달리티 범위와 성능에 제약을 받습니다. 우리는 1 메가베이스의 DNA 시퀀스를 입력으로 받아 단일 염기 쌍 해상도까지 다양한 모달리티(유전자 발현, 전사 시작, 크로마틴 접근성, 히스톤 변형, 전사 인자 결합, 크로마틴 접촉 맵, 스피싱 부위 사용, 스피싱 결합 좌표 및 강도)에서 수천 개의 기능적 게놈 트랙을 예측할 수 있는 AlphaGenome를 소개합니다. 인간과 생쥐 게놈을 학습하여 AlphaGenome는 변이 효과 예측에 대한 26개 평가 중 24개에서 가장 강력한 외부 모델과 일치하거나 이를 초월합니다. AlphaGenome는 모든 모달리티에서 동시에 변이 효과를 점수화할 수 있는 능력을 통해 TAL1 온코جين 근처의 임상적으로 관련된 변이의 메커니즘을 정확하게 재현합니다. 더 넓은 활용을 위해 우리는 시퀀스로부터 게놈 트랙과 변이 효과 예측을 수행할 수 있는 도구들을 제공합니다.


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