アーマー（Amber）は、ピーター・コルマン（Peter Kollman）および彼の研究室、共同研究者らによって開発された分子動力学（MD）シミュレーション用ソフトウェアパッケージであり、生体分子系のシミュレーションを目的として設計された。pmemdモジュールは、中央処理装置（CPU）用のシングルスレッド版、NVIDIAおよびAdvanced Micro Devices（AMD）のグラフィックス処理装置（GPU）用バージョン、およびメッセージパッシングインターフェース（MPI）を用いた並列処理版として利用可能である。さらに、熱力学的統合法、リプリカ交換MD、加速MDなどの高度な機能を備えている。本アプリケーションノートでは、ソフトウェアの最新アップデートおよび最近追加された機能について概説する。