开发能够使模型学习拓扑归纳偏好的化学结构的稳健表示是一项挑战。在本文中，我们提出了一种原子系统的表示方法。首先，我们证明了该表示方法满足所有结构、几何、效率和泛化性约束。随后，我们提供了一种通用算法来编码任何原子系统。最后，我们在多个任务上报告了与现有最先进方法相当的性能。我们开源了所有代码和数据集。代码和数据可在 https://github.com/rahulkhorana/PolyatomicComplexes 获取。