2 个月前

基于扩散语言模型的文本引导分子生成

Haisong Gong; Qiang Liu; Shu Wu; Liang Wang
基于扩散语言模型的文本引导分子生成
摘要

文本引导的分子生成是一项根据特定文本描述生成分子的任务。近期,大多数现有的基于SMILES(简化分子线性输入系统)的分子生成方法依赖于自回归架构。在本研究中,我们提出了一种新的方法——扩散语言模型引导的文本生成分子(TGM-DLM),该方法利用扩散模型来克服自回归方法的局限性。TGM-DLM通过两阶段的扩散生成过程,集体且迭代地更新SMILES字符串中的标记嵌入。第一阶段从随机噪声中优化嵌入,由文本描述引导;第二阶段则修正无效的SMILES字符串,形成有效的分子表示。我们证明了TGM-DLM无需额外的数据资源即可优于MolT5-Base(一种自回归模型)。我们的研究结果突显了TGM-DLM在生成具有特定属性的连贯且精确的分子方面的显著有效性,为药物发现及相关科学领域开辟了新的途径。代码将在以下地址发布:https://github.com/Deno-V/tgm-dlm。

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