تم اقتراح التشفير المتماثل بالكامل (FHE) لأول مرة من قبل رون ريفيست وليونارد أدلمان ومايكل ديرتوزوس في عام 1978، مع نشر المفهوم الأولي في الورقة البحثية "...".حول بنوك البيانات وتشابهات الخصوصية"في عام 2009، كتب كريج جينتري في ورقته البحثية "مخطط تشفير متماثل بالكاملتم اقتراح أول مخطط تشفير متماثل حقيقي في الكتاب، وهو معروف بأنه الجيل الأول من نظام التشفير المتماثل بالكامل.

تُسمى خوارزمية التشفير المتماثل التي تُلبي خصائص التماثل الجمعي والضربي في آنٍ واحد بالتشفير المتماثل الكامل. وينتقل التشفير المتماثل الكامل من النظرية إلى التطبيق العملي، مع تحسينات في الكفاءة من خلال تحسين الخوارزميات وتسريع الأجهزة، مما يُظهر إمكانات هائلة في مجالات البيانات الحساسة، مثل حوسبة الخصوصية والرعاية الصحية والمالية.