Polaratio: معامل ارتباط تنازلي يعتمد على الحجم، وتحسيناته لتركيب الخلايا القصيرة RNA

الدافع: سمحَت تقنيات تسلسل RNA على مستوى الخلية الواحدة (scRNA-seq) وأدوات التحليل بتحقيق فهم مفصل بشكل ملحوظ للدور والتفاعلات بين الخلايا والجينات. ومع ذلك، فإن المقاييس التقليدية للمسافة، مثل المسافة الإقليدية، ومسافة بيرسون، ومسافة سبيرمان، تفشل في أخذ الابعاد العالية، والتزايدية، وحجم تعبير الجينات بعين الاعتبار في آنٍ واحد. ولحل عدة نقاط ضعف في هذه المقاييس الشائعة الاستخدام، نقدم مقياسًا جديدًا يُسمى "Polaratio"، وهو مقياس ارتباط تزايدي يعتمد على الحجم، مصمم لتحسين جودة تحليل بيانات scRNA-seq.النتائج: قمنا بدمج ثلاث خوارزميات تجميع متميزة وقابلة للتفسير – تجميع الخلايا الموحّد (SC3)، والتجميع الهرمي (HC)، وتجميع K-متوسطات (KM) – من خلال إجراء تجميع خلايا موحّد، وقمنا بتقييمه على مجموعة متنوعة من البيانات البيولوجية لمقارنة أداء Polaratio مع عدة مقاييس معروفة. أظهرت نتائجنا قدرة Polaratio على تحسين دقة تجميع الخلايا في 5 من أصل 7 مجموعات بيانات متاحة علنًا.التوفر: https://github.com/dubai03nsr/Polaratioالاتصال: [email protected]