HyperAIHyperAI
منذ 17 أيام

باندا: التنبؤ بتغير قوة ارتباط البروتينات نتيجة الطفرات باستخدام معلومات التسلسل

Wajid Arshad Abbasi, Syed Ali Abbas, Saiqa Andleeb
باندا: التنبؤ بتغير قوة ارتباط البروتينات نتيجة الطفرات باستخدام معلومات التسلسل
الملخص

تحديد دقيق لتغير في قدرة الارتباط البروتيني نتيجة الطفرات أمر بالغ الأهمية لاستكشاف وتصميم علاجات جديدة، وكذلك لدعم دراسات الطفرات الجينية. يتطلب تحديد التغير في قدرة الارتباط نتيجة الطفرات تجارب معملية معقدة وغالية التكلفة وطويلة الأمد، ويمكن تحسين هذه التجارب باستخدام الأساليب الحاسوبية. ومع ذلك، فإن معظم تقنيات التنبؤ الحاسوبي تتطلب هياكل البروتين، مما يحد من تطبيقها على المعقدات البروتينية ذات الهياكل المعروفة فقط. في هذه الدراسة، نستعرض التنبؤ القائم على التسلسل لتحديد التغير في قدرة الارتباط البروتيني نتيجة الطفرات. وقد استخدمنا معلومات تسلسل البروتين بدلاً من هياكل البروتين، مع استخدام تقنيات التعلم الآلي، لتقديم تنبؤ دقيق للتغير في قدرة الارتباط البروتيني نتيجة الطفرات. إن المُقدِّر الجديد القائم على التسلسل الذي اقترحناه، ويدعى PANDA، يحقق دقة أعلى من الطرق الحالية على نفس مجموعة التحقق، وكذلك على مجموعة اختبار خارجية مستقلة. وعلى مجموعة الاختبار الخارجية، حقق الأسلوب المقترح معامل ارتباط بيرسون الأقصى عند 0.52، مقارنة بـ 0.59 التي حققتها الطريقة الحالية الأفضل في المجال، وهي الطريقة القائمة على هيكل البروتين المعروفة بـ MutaBind. يمتلك الأسلوب المقترح القائم على تسلسل البروتين نطاق تطبيق واسع، ويعمل بأداء مماثل للطرق القائمة على هيكل البروتين الحالية. يتوفر تنفيذ خدمة ويب قائمة على السحابة لـ PANDA، بالإضافة إلى كود بايثون الخاص بها، عبر الرابط: https://sites.google.com/view/wajidarshad/software، و https://github.com/wajidarshad/panda.

باندا: التنبؤ بتغير قوة ارتباط البروتينات نتيجة الطفرات باستخدام معلومات التسلسل | أحدث الأوراق البحثية | HyperAI