قد يتوقف مشروع CASP! مستقبل مسابقة التنبؤ ببنية البروتين غير مؤكد بسبب خفض تمويل المعاهد الوطنية للصحة.
مسابقة تسمى "التقييم النقدي للتنبؤ ببنية البروتين" معرضة لخطر التوقف——كانت مسابقة CASP، المسابقة الرائدة في الصناعة، هي التي فاز فيها AlphaFold بالبطولة.
في الثاني من يوليو/تموز، بتوقيت شرق الولايات المتحدة، نشرت مجلة ساينس تقريرًا حصريًا يفيد بأن تمويل المعاهد الوطنية للصحة (NIH) لمشروع CASP قد استُنفِد، ورغم أن جامعة كاليفورنيا ديفيس (UC Davis)، التي تُدير أموال المشروع، قد قدّمت دعمًا طارئًا، إلا أنه سيُستنفد أيضًا في الثامن من أغسطس/آب، ويواجه مشروع CASP أزمة تعليق. وصرح مدير المشروع، كريستوف فيديليس، بأنه تلقى للتو إشعارًا بإنهاء خدماته لمدة 45 يومًا من جامعة كاليفورنيا ديفيس الأسبوع الماضي.
ويقال أن،وقد قدم منظمو CASP طلب تجديد بقيمة 800 ألف دولار في العام الماضي.وقال جون مولت، المؤسس المشارك لـ CASP وأستاذ في جامعة ميريلاند، إن منظمي الحدث يبحثون حاليًا بشكل عاجل عن مصادر تمويل بديلة من المؤسسات والدول الأخرى.
"إذا تم إيقاف مشروع CASP، فسوف يكون ذلك بمثابة خسارة كبيرة لمجتمع العلوم البيولوجية."قال جيانلين تشنغ، خبير نمذجة البروتينات في جامعة ميسوري: "تُعدّ مسابقة CASP المسابقة العلمية الأنجح والأكثر شهرة في العالم. لا تقتصر هذه المسابقة على الترويج لمشاريع الذكاء الاصطناعي مثل RosettaFold وAlphaFold من Google DeepMind، بل تُواصل أيضًا توسيع نطاق مواضيعها، مثل إجراء مسابقات تنبؤية حول كيفية ارتباط جزيئات الأدوية بأهداف البروتين، وهو أمر بالغ الأهمية لتطوير أدوية جديدة. ويمكن القول إن CASP لا يزال يُحدث تأثيرًا عميقًا في العديد من مجالات البحث العلمي".
16 حدثًا في 30 عامًا، تشهد على صعود الصناعة
باعتبارها مسابقة دولية تقام كل عامين، شهدت مسابقة CASP، التي أقيمت لأول مرة في عام 1994، إنجازات صناعية مهمة لا حصر لها على مدار أكثر من 30 عامًا، وعكست بشكل جيد اتجاهات التنمية في مجال علم الأحياء.
إن جوهر هذه المسابقة هو تقييم قدرة النماذج الحسابية المختلفة على حل مشاكل طي البروتين بشكل مستقل.هذا يعني التنبؤ بكيفية طيّ سلسلة أحماض أمينية خطية لتكوين بنية ثلاثية الأبعاد ذات وظيفة محددة. يتعين على المتسابقين التنبؤ بالنموذج الهيكلي لبروتين بناءً على تسلسل أحماضه الأمينية فقط، دون بيانات تجريبية. ثم تُقارن هذه التنبؤات بالهياكل الفعلية المُحللة في المختبر باستخدام أساليب مثل علم البلورات بالأشعة السينية أو المجهر الإلكتروني بالتبريد لتقييم دقتها.
في البداية، كانت هذه المهمة بالغة الصعوبة، وكثيرًا ما زعمت فرق البحث المعنية بالتنبؤ ببنية البروتين تحقيقها إنجازاتٍ كبيرة. كان هدف CASP توفير منصةٍ عادلةٍ ومفتوحةٍ للمقارنة المباشرة بين جميع طرق التنبؤ لإيجاد مناهج تقنية ذات نتائج فعلية أفضل، مما يُعزز تطوير هذا المجال. وكما قال نيك جريشين، عالم الكيمياء الحيوية في المركز الطبي بجامعة تكساس الجنوبية الغربية: "يعتقد الجميع أن طريقتهم هي الأفضل، وهذه طبيعة البشر".عندما يتم وضع الأساليب المختلفة على نفس المسرح، يمكننا أن نرى أين تفشل، وهذه الإخفاقات هي التي تقود التقدم العلمي.
بالنظر إلى تطور المسابقة على مدى العقود القليلة الماضية، وُضعت معايير صارمة للاختبار الأعمى وآليات مراجعة المجتمع عام ١٩٩٤، ثم طُرح مساران، النمذجة الحرة والنمذجة القائمة على القوالب، عام ٢٠٠٦ لتعزيز تطوير تنوع الخوارزميات. في عام ٢٠١٨، جلبت جوجل ديب مايند الجيل الأول من ألفا فولد إلى CASP13، مما جذب اهتمامًا واسعًا. بعد عامين، شاركت ديب مايند في المسابقة مجددًا، وأذهل ألفا فولد ٢ الجمهور. كانت دقة تنبؤه قريبة من البنية التجريبية لأول مرة، مما أحدث صدمة عالمية، واعتُبر أنه "حلّ بشكل أساسي مشكلة التنبؤ ببنية البروتين".
علق البروفيسور تشنغ وي من جامعة نانكاي، الذي شارك في مسابقة CASP عدة مرات، في مقابلة حصرية مع HyperAI قائلاً: "لقد نجح AlphaFold2 في دمج النتائج عالية الجودة وخبرة فريق البحث الأكاديمي السابق بشكل ممتاز، واستثمر جهدًا أكبر في تدريب النماذج لإيجاد الحل الأمثل. أداء AlphaFold2 مذهل حقًا".
دفع نجاح AlphaFold2، إلى حد ما، هذا الرائد في تطوير التكنولوجيا، المعترف به في هذا المجال، إلى نطاق أوسع. وخاصةً بعد منح جائزة نوبل لعام ٢٠٢٣ لكل من ديفيد بيكر، وديميس هاسابيس، وجون إم. جامبر، ازدادت شعبية الذكاء الاصطناعي في العلوم، واشتدت المنافسة في CASP.
وفقًا للأستاذ تشنغ وي، الذي شارك في CASP16 وفاز ببطولات عديدة، فإن مسابقة هذا العام "أكثر تنافسية وصعوبة من ذي قبل". أولًا، عدد الفرق المشاركة أكبر بكثير من الأعوام السابقة."من المتوقع أن يكون هذا العام هو العام الذي يشهد أكبر عدد من الفرق المشاركة منذ إطلاق المسابقة.وتتركز المسابقة بشكل رئيسي في الأوساط الأكاديمية، بحضور العديد من خريجي CASP ذوي الخبرة، ما يجعل المنافسة شرسة للغاية. ثانيًا، ازدادت صعوبة المنافسة. فمن جهة، ترمز إلى التحسن التقني الشامل في مجال التنبؤ ببنية البروتين، ومن جهة أخرى، تؤكد أن احتياجات الصناعة أصبحت أوضح، لذا فإن مسابقة هذا العام "أكثر ميلًا إلى المشكلات البيولوجية العملية".
وأفيد أنه في CASP16،209 فريقًا من جميع أنحاء العالم لم يتحدوا التنبؤ الهيكلي لبروتين واحد فحسب،نحاول أيضًا حل الهياكل ثلاثية الأبعاد الأكثر تعقيدًا مثل جزيئات الحمض النووي الريبي، ومجمعات البروتين، ومقترنات الدواء والبروتين، والتكوينات المتعددة التي قد تظهرها البروتينات غير المنظمة.
كالعادة، ستُعقد مسابقة جديدة لـ CASP في عام ٢٠٢٦. ومع ذلك، نظرًا لـ"الحد الأقصى" الذي حددته المعاهد الوطنية للصحة، فإن مستقبل هذه المنافسة الصناعية ذات المحتوى العالي من الذهب يكتنفه الغموض. إذا لم تستجب المعاهد الوطنية للصحة لفترة طويلة، فهل يمكن لمؤسسات أو شركات أخرى تقديم يد العون؟
يدعو مستخدمو الإنترنت شركة DeepMind إلى التقدم
كما نعلم جميعًا، منذ توليه منصبه كرئيس لوزارة كفاءة الحكومة الأمريكية (DOGE) في يناير 2025، بدأ ماسك في خفض الإنفاق الحكومي الفيدرالي بشكل كبير، وإغلاق الوكالات، وتسريح الموظفين، وإلغاء العقود... وقد تأثرت ما يقرب من 30 وكالة حكومية، بما في ذلك الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية (USAID)، والمعاهد الوطنية للصحة (NIH)، ووزارة التعليم، والمؤسسة الوطنية للعلوم (NSF)، والإدارة الوطنية للملاحة الجوية والفضاء (ناسا)، مما أثر أيضًا بشكل غير مباشر على الأبحاث العادية في العلوم والطب وغيرها من المجالات.
حتى الآن، ورغم انسحاب ماسك تدريجيًا من برنامج DOGE، وزعم المعاهد الوطنية للصحة (NIH) أنها ستستأنف تمويل حوالي 900 مشروع ممول، إلا أن تداعياته لم تنتهِ بعد، ولا يزال من غير المعروف ما إذا كان برنامج CASP سيستمر في تلقي التمويل. وقد جذبت هذه المسألة أيضًا اهتمامًا واسعًا من قِبل المطلعين على الصناعة. فقد نشر سيرجي أوفشينيكوف، الأستاذ المساعد في قسم الأحياء بمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيا، تقرير مجلة ساينس على حسابه الشخصي على مواقع التواصل الاجتماعي.وتساءل "هل هناك من يملك المال الكافي لدعم هذه المسابقة التي ربما تكون الأهم في القرن؟"
ومن بين الاقتراحات في قسم التعليقات، فكر بعض الأشخاص في الرئيس التنفيذي لشركة Stripe، باتريك كوليسون، بينما انتقد البعض ديميس هاسابيس وجون إم. جامبر، وأشار البعض بشكل مباشر إلى أن "ديب مايند يجب أن تتبرع بسخاء".
وقد رشح عالم الأحياء رولاند دانبراك من مختبر دانبراك جوجل وديب مايند بشكل مباشر لتمويل CASP، قائلاً إن لديه موارد كافية "واستفاد بشكل كبير من جهود جون مولت، وكرزيستوف فيديليس، وأندريه كريشتافوفيتش، ونيك جريشين، وآخرين".
يدعو رولاند دنبراك بشكل مباشر جوجل وديب مايند لتمويل CASP
في الواقع، تُعدّ شركات مثل جوجل، التي تحظى بتمويل جيد وتُعرف بقدرتها الكبيرة على تطوير الذكاء الاصطناعي في مجال العلوم، الخيار الأمثل لمسابقة CASP. ولكن من ناحية أخرى، قد يُثير التمويل من الشركات سلسلة من التحديات والمخاطر - فهل يُمكن ضمان عدالة هذه المنافسة؟ وفيما يتعلق باختيار مواضيع المسابقة، هل هي مُلتزمة بتوجهات تطوير الصناعة، أم أنها مُتحيزة نحو مراهنات الشركات ورأس المال؟
في الوقت الحالي، لا يزال مسار CASP غير واضح. نأمل بصدق أن تواصل هذه المسابقة، التي ساهمت في تحقيق العديد من الإنجازات البارزة، توجيه مسار تطوير هذه الصناعة.
مراجع: