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범암 scRNA-Seq 암 단일세포 전사 아틀라스 데이터셋
이 데이터 세트는 건강한 면역 상태, 혈액암(골수성 백혈병), 고형암 미세환경(흑색종)의 세 가지 생물학적 상태를 포괄하는 7,930개의 단일 세포에서 얻은 전사체 발현 데이터를 포함합니다. 본 연구는 알고리즘 성능 평가 및 방법론 비교, 다중 코호트 배치 효과 보정, 면역 소진 상태 분석, 그리고 다양한 종양 유형에 적용 가능한 바이오마커 발굴을 위한 기준점을 제공하기 위해 여러 코호트를 통합한 단일 세포 분석 벤치마크를 구축하는 것을 목표로 합니다.
데이터 세트 구성:
- A군: 건강한 면역 기저 상태 (약 2,700개 세포)
- 출처: 10x Genomics PBMC3k
- 생물학적 배경: 건강한 공여자로부터 얻은 말초혈액 단핵세포(PBMC)를 면역 항상성의 기준 대조군으로 사용했습니다.
- 목적: 종양과 관련된 면역 상태의 변화를 비교한다.
- 코호트 B: 액체 종양/골수성 백혈병(약 2,730개 세포)
- 출처: Paul et al., 2015
- 생물학적 배경: 골수 전구 세포 및 백혈병 관련 세포 상태의 단일 세포 전사체 데이터
- 기능: 혈액암의 모델을 나타냅니다.
- 코호트 C: 고형 종양 미세환경(약 2,500개 세포)
- 출처: 종양 면역 세포 아틀라스(TICAtlas)
- 생물학적 배경: 면역 세포 및 악성 세포는 흑색종과 같은 고형 종양의 미세 환경에서 유래하며, 여기에는 기능이 저하된 T 세포, 대식세포 및 종양 세포가 포함됩니다.
- 응용 분야: 고형 종양에서 면역 억제 및 세포 이질성을 연구하는 데 사용됩니다.
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