MATLAB/Octave用WaveForm DataBase（WFDB）ツールボックスは、PhysioNetのソフトウェアおよびデータベースへの統合的なアクセスを可能にします。MATLAB/Octave用WFDBツールボックスを用いることで、ユーザーはPhysioNetに収録された50以上の生理学的データベースにアクセスできます。このツールボックスにより、ECG、EEG、EMG、PLETHなど、合計4TBを超えるバイオメディカル信号にアクセス可能です。さらに、多くの信号には、心律不整、睡眠段階、てんかん発作、低血圧発作などの臨床イベントに関する医療的アノテーションを含むメタデータが付随しています。このツールボックスを用いることで、ユーザーはPhysioNetのソフトウェアおよびデータベースに基づく既存の研究結果の再現、検証、比較を容易に実施できるようになります。