1. チュートリアルの概要

MAGE（モノクローナル抗体ジェネレーター）は、ヴァンダービルト大学医療センター（VUMC）のIGLAB（免疫ゲノミクスラボ）チームによって2024年6月に発表された、配列ベースのタンパク質言語モデル（PLM）です。このモデルは、特定の標的を標的とするヒト可変重鎖および軽鎖抗体のペア配列を生成するように微調整されています。MAGEは、SARS-CoV-2、新興鳥インフルエンザH5N1株、およびRSウイルスA（RSV-A）に対する結合特異性を実験的に検証した、新規かつ多様な抗体配列を生成できることが実証されています。関連研究論文のタイトルは「…」です。大規模言語モデルを用いた抗原特異的ペア鎖抗体の生成”。

このチュートリアルでは、リソースとして単一の RTX 5090 カードを使用します。

2. プロジェクト例

3. 操作手順

1. コンテナを起動した後、API アドレスをクリックして Web インターフェイスに入ります

2. 使用手順

「Bad Gateway」と表示される場合、モデルが初期化中であることを意味します。モデルが大きいため、2〜3分ほど待ってページを更新してください。

知らせ：

抗原情報は、シグナルペプチドまたは膜貫通領域を除いたアミノ酸配列の形式で提供される必要があります。

例: SARS-CoV-2 インデックス株 RBD: RVQPTESIVRFPNITNLCPGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFFCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKL PDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFPTNGVGYQPYRVLLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF