Une nouvelle étude publiée dans la revue Nature propose une méthode innovante et sécurisée pour identifier les virus animaux susceptibles de provoquer la prochaine pandémie mondiale. Face à la multitude de virus présents chez les animaux, les scientifiques doivent déterminer lesquels ont la capacité de franchir la barrière d'espèce pour infecter les humains. L'équipe de chercheurs britannique a mis au point une technique permettant de cribler cette diversité virale sans exposer les laboratoires à des agents pathogènes dangereux. Le processus d'infection d'un virus dépend d'une étape cruciale : la liaison à un récepteur d'entrée, une molécule spécifique à la surface de la cellule hôte. Sans cette connexion, le virus ne peut pénétrer dans la cellule, même s'il est parfaitement adapté aux étapes suivantes. De nombreux virus animaux échouent à cette première étape car les récepteurs des cellules humaines diffèrent de ceux de leurs hôtes naturels. Identifier quels virus peuvent utiliser les récepteurs humains permettrait de prioriser les menaces potentielles. Cependant, pour la majorité des virus, ces récepteurs restent inconnus. Pour contourner cette difficulté et assurer la sécurité, les chercheurs se sont concentrés sur la famille des alphacoronavirus, qui comprend certains virus du commun froid et des parents lointains du SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19. Puisque les génomes de ces virus sont disponibles, l'équipe a pu identifier les gènes codant pour les protéines de pointe, responsables de la fixation aux récepteurs. Plutôt que d'utiliser des virus entiers, ils ont créé ce que l'on appelle des "virus pseudotypés". Il s'agit de particules factices qui affichent les protéines de pointe d'un virus réel mais ne possèdent pas la capacité de se répliquer, les rendant ainsi totalement sûres pour les manipulations en laboratoire. Les tests ont confirmé que les virus pseudotypés des coronavirus du commun froid se liaient efficacement aux cellules humaines, tandis que la plupart des autres coronavirus animaux ne parvenaient pas à le faire. Toutefois, une exception majeure a été identifiée : le coronavirus KY43, un virus auparavant obscur trouvé chez les chauves-souris à museau de cœur au Kenya. Ce virus s'est révélé très efficace pour se lier à une protéine présente sur les cellules humaines. Bien que le KY43 représente une menace potentielle à surveiller, il n'entraîne pas de panique immédiate. Les virus apparentés, présents dans le monde entier, sont généralement incapables de se lier aux récepteurs humains. De plus, ceux capables de le faire sont localisés dans une région limitée de l'Afrique de l'Est, et les populations locales n'ont montré aucun signe d'infection par ce virus jusqu'à présent. Cela rappelle que la liaison au récepteur n'est qu'une première étape ; plusieurs autres obstacles empêchent souvent le passage complet du virus à l'homme. Ce travail constitue une preuve de concept puissante pour l'évaluation des risques pré-pandémiques. La méthode développée permet de tester de manière sûre tout virus dont la séquence génomique est connue. Elle ouvre la voie à la conception de cribles similaires pour évaluer d'autres fonctions virales nécessaires à la transmission à l'homme. À une époque où la planète regorge de virus animaux, dont la plupart sont inoffensifs pour nous, ces recherches permettent de distinguer et de suivre de près les menaces potentielles, offrant ainsi un avantage crucial dans la préparation aux futures crises sanitaires mondiales.