AutoDock-GPU_Output est un exemple de fichier journal de sortie d'amarrage (.dlg) généré par AutoDock-GPU. Il contient des informations telles que l'énergie de liaison, le regroupement des conformations et l'orientation finale du ligand. Il sert de jeu de données de référence pour l'analyse des résultats d'amarrage et peut être utilisé pour apprendre à analyser ces résultats et vérifier la configuration de l'environnement.

Les résultats pertinents de l'article sontAccélération d'AutoDock4 avec les GPU et la recherche locale basée sur le gradient", publié par Diogo Santos-Martins et al. en 2021.

AutoDock-GPU est une version d'AutoDock 4.2 accélérée par GPU. Elle améliore la vitesse d'amarrage moléculaire en parallélisant les algorithmes génétiques, offrant ainsi un gain de performance de 10 à 50 fois supérieur à celui obtenu avec un processeur classique. Elle est couramment utilisée pour le criblage virtuel de médicaments et la prédiction des modes de liaison protéine-ligand.

Ses caractéristiques comprennent :

• Prend en charge CUDA, OpenCL et SYCL ; compatible avec les GPU NVIDIA/AMD/Intel et les processeurs multicœurs.
• Prend en charge les méthodes de recherche locale telles que ADADELTA et Solis-Wets.
• Prend en charge le filtrage virtuel par lots et la stratégie d'arrêt de recherche automatique
• Couramment utilisé dans la recherche en conception de médicaments et l'évaluation des performances des supercalculateurs.

L'ensemble de données est stocké dans examples/output milieu:

examples/output/
├── ocladock_cpu_1stp_nrun100.dlg
├── ocladock_cpu_3ce3_nrun100.dlg
├── ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
└── ocladock_gpu_3ce3_nrun100.dlg

Explication de la dénomination des fichiers

| 文件名片段 | 含义说明 |
|---|---|
| `cpu` / `gpu` | 运行所使用的硬件设备类型 |
| `1stp` / `3ce3` | 对接所用的测试蛋白-配体体系名称 |
| `nrun100` | 运行的 LGA 对接轮数（如 100 次搜索）|

Exemple:
ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
Cela indique que 100 recherches d'amarrage ont été effectuées sur l'architecture 1stp en utilisant le GPU.

Description du contenu

Le fichier enregistre les résultats complets d'exécution d'AutoDock-GPU, notamment :

| 内容模块 | 说明 |
|---|---|
| 运行参数与搜索设置 | 遗传算法参数、局部优化算法、变异率等 |
| 结合能与评分 | 包含预测的结合自由能（Binding Energy）|
| 构象聚类分析 | 根据 RMSD 对所有构象进行聚类结果列表 |
| 最优构象坐标 | 最终配体坐标，可用于可视化展示 |

.dlg Il est au format texte brut et peut être ouvert et consulté directement.

Comment utiliser