NAMD signifie Nanoscale Atomistic Molecular Dynamics, un programme permettant de simuler la dynamique moléculaire à l'échelle atomique à l'échelle nanométrique.

Le jeu de données NAMD Benchmark est un ensemble de profils et d'entrées de test de performance conçus spécifiquement pour les environnements de calcul haute performance (HPC). Il sert à évaluer les performances du logiciel de simulation de dynamique moléculaire NAMD sur différentes plateformes matérielles, en modes parallèles (MPI, GPU, Charm++) et avec différents paramètres d'optimisation de la compilation.

Contrairement aux données expérimentales scientifiques ou aux résultats de simulation, cet ensemble de données contient des ensembles d'entrée/configuration de référence standardisés utilisés pour mesurer les performances de calcul (vitesse, évolutivité et efficacité) d'un système, plutôt que des résultats de simulation pour l'analyse scientifique.
Ce référentiel est maintenu par l'équipe officielle de la NAMD — le groupe de biophysique théorique et computationnelle et le laboratoire de programmation parallèle de l'université de l'Illinois à Urbana-Champaign.

Les résultats pertinents de l'article sontDynamique moléculaire évolutive avec NAMDL'ensemble de données, intitulé "...", a été publié par Phillips et al. en 2005. La version de cet ensemble de données est "...".Résultats des tests de performance de NAMD 3.0 bêta 6 sur GPU".

Structure du jeu de données

Cet ensemble de données contient généralement :

• Le fichier .namd est le fichier d'entrée principal (il contrôle les paramètres de simulation).
• Fichiers de structure .psf et .pdb (topologie et coordonnées du système)
• Fichiers de paramètres de champ de force .prm / .top (format CHARMM)
• Exécutez le script et le fichier README

Contenu de l'ensemble de données

Cet ensemble de données contient plusieurs systèmes moléculaires représentatifs pour tester les performances à différentes échelles et en modes parallèles.

• APOA1
• Système : protéine APOA1 + système solvant
• Nombre d'atomes : Environ 92 000
• Caractéristiques : Système de test de taille moyenne, souvent utilisé pour les tests en mode mixte du CPU et du GPU.
• STMV
• Système : Virus de la mosaïque du tabac satellite
• Nombre d'atomes : environ 1 066 628
• Caractéristiques : Système de normes de performance le plus couramment utilisé par la NAMD, employé pour les tests de performance parallèles à grande échelle.
• STMV_21M / STMV_224M
• Système : Une copie étendue de STMV
• Nombre d'atomes : Environ 21 millions / 224 millions
• Caractéristiques : Utilisé pour tester l'évolutivité du calcul massivement parallèle.
• F1-ATPase
• Système : Système de simulation cinétique de l'enzyme F1-ATPase
• Caractéristiques : Système protéique complexe utilisé pour évaluer l'efficacité des algorithmes de calcul d'énergie et de contraintes.

Instructions

• Ces fichiers de référence sont utilisés pour les tests et la vérification des performances et ne contiennent pas de résultats d'analyse scientifique.
• Il peut fonctionner dans des environnements mono-nœud (CPU/GPU) ou multi-nœuds (MPI) pour comparer l'efficacité de différents matériels ou versions.
• Les utilisateurs peuvent tester l'impact de différentes longueurs de temporisation, rayons de coupure ou paramètres PME sur les performances en modifiant les paramètres d'entrée.
• Les résultats des journaux fournis sur la page officielle peuvent servir de référence pour vérifier l'exactitude de la configuration du système.