Das WaveForm DataBase (WFDB)-Toolbox für MATLAB/Octave ermöglicht eine integrierte Nutzung der Software und Datenbanken von PhysioNet. Mit dem WFDB-Toolbox für MATLAB/Octave haben Benutzer Zugriff auf über 50 physiologische Datenbanken innerhalb von PhysioNet. Das Tool bietet Zugriff auf mehr als 4 TB an biomedizinischen Signalen, darunter EKG, EEG, EMG und PLETH. Zudem sind die meisten Signale mit Metadaten versehen, beispielsweise medizinischen Annotationen klinischer Ereignisse wie Arrhythmien, Schlafstadien, Anfälle oder hypotensive Episoden. Benutzer des Toolboxes können Ergebnisse, die auf der Software und den Datenbanken von PhysioNet basieren, problemlos reproduzieren, validieren und vergleichen.