Amber ist ein Softwarepaket für molekulare Dynamik (MD), das ursprünglich von Peter Kollman, seiner Arbeitsgruppe und Kooperationspartnern entwickelt wurde, um biomolekulare Systeme zu simulieren. Das Modul pmemd steht als serielle Version für zentrale Prozessoren (CPUs), sowie als NVIDIA- und Advanced Micro Devices (AMD)-GPU-Version sowie als parallele Version mit Message Passing Interface (MPI) zur Verfügung. Zu den erweiterten Funktionen gehören thermodynamische Integration, Replica-Exchange-MD und beschleunigte MD-Verfahren. In dieser Anwendungshinweise wird ein kurzer Überblick über Aktualisierungen des Softwarepakets sowie kürzlich hinzugekommene Funktionen gegeben.