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Textgesteuerte Molekülgenerierung mit Diffusions-Sprachmodell

Haisong Gong Qiang Liu Shu Wu Liang Wang

Zusammenfassung

Textgeleitete Molekülgenerierung ist eine Aufgabe, bei der Moleküle generiert werden, um spezifische textbasierte Beschreibungen zu entsprechen. Kürzlich basieren die meisten existierenden Methoden zur SMILES-basierten Molekülgenerierung auf einer autoregressiven Architektur. In dieser Arbeit schlagen wir Textgeleitete Molekülgenerierung mit Diffusions-Sprachmodell (TGM-DLM) vor, einen neuen Ansatz, der Diffusionsmodelle nutzt, um die Einschränkungen autoregressiver Methoden zu überwinden. TGM-DLM aktualisiert die Token-Einbettungen innerhalb des SMILES-Strings kollektiv und iterativ durch einen zweiphasigen Diffusionsgenerierungsprozess. Die erste Phase optimiert die Einbettungen aus zufälligem Rauschen unter Anleitung der textuellen Beschreibung, während die zweite Phase ungültige SMILES-Strings korrigiert, um gültige molekulare Darstellungen zu bilden. Wir zeigen, dass TGM-DLM das autoregressive Modell MolT5-Base übertrifft, ohne zusätzliche Datenressourcen zu benötigen. Unsere Ergebnisse unterstreichen die bemerkenswerte Effektivität von TGM-DLM bei der Generierung kohärenter und präziser Moleküle mit spezifischen Eigenschaften und eröffnen neue Wege in der Arzneimittelentdeckung und verwandten wissenschaftlichen Bereichen. Der Quellcode wird veröffentlicht unter: https://github.com/Deno-V/tgm-dlm.


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