Der Timewarp-Datensatz ist ein 2023 von Microsoft Research veröffentlichter Datensatz zur Beschleunigung von Molekulardynamik-Simulationen; die zugehörige wissenschaftliche Publikation lautet „Timewarp: Transferable Acceleration of Molecular Dynamics by Learning Time-Coarsened Dynamics“, das darauf abzielt, tiefenlernbasierte Techniken zur Vorhersage der dreidimensionalen Konformationsänderungen kleiner Peptide einzusetzen, um den Prozess der Molekulardynamik-Simulation zu beschleunigen.

Der Datensatz enthält umfangreiche Molekulardynamik-Trajektorien kleiner Peptide (2–4 Aminosäuren), die mit impliziten Wasserfeldern simuliert wurden, und umfasst verschiedene kleine Molekülsysteme wie Dipeptide und Tetrapeptide. Der Datensatz enthält Protein-Zustandsdateien und Trajektorien-Array-Dateien, die das Training und die Validierung von Machine-Learning-Modellen im Bereich der Molekulardynamik unterstützen und eine wichtige Datenbasis für die Erforschung der Proteinfaltung und dynamischen Verhaltensweisen bilden.

Zusammensetzung des Datensatzes

• 2AA-1-big: Enthält Vollatom-Molekulardynamik-Trajektorien für 380 Dipeptide, erzeugt mit klassischer Molekulardynamik und implizitem Wassermodell, wobei die Trajektorie alle 10.000 Schritte gespeichert wurde.
• 2AA-1-complete: Enthält vollständige Trajektoriedaten für alle 400 Dipeptide, ergänzt die in 2AA-1-big fehlenden 20 Dipeptide und nutzt ebenfalls klassische Molekulardynamik und das implizite Wassermodell.
• 4AA-huge: Enthält Molekulardynamik-Trajektorien von Tetrapeptiden, die hauptsächlich zur Validierung und zum Testen verwendet werden; die Simulationsdauer beträgt 1 Mikrosekunde.
• 4AA-large: Enthält 2.333 Tetrapeptide, aufgeteilt in einen Trainingsdatensatz (1.500), einen Validierungsdatensatz (400) und einen Testdatensatz (433). Die Simulationsdauer beträgt für den Trainingsdatensatz 50 Nanosekunden und für den Validierungs- und Testdatensatz 500 Nanosekunden.
• AD-3: Enthält zwei lange Trajektorien, die für die Simulation von Alanin-Dipeptiden erstellt wurden; dieses Molekül besteht aus 22 Atomen.