يحسب مجال قوة التعلم الآلي VASP طيف الفونون السيليكوني
حزمة محاكاة فيينا Ab initio (VASP:دليل VASP – ويكي VASP ) هو برنامج كمبيوتر للنمذجة المادية على المستوى الذري من المبادئ الأولى، مثل حسابات البنية الإلكترونية وديناميكيات الجزيئات الميكانيكية الكمومية.
فونوبيمرحبًا بك في Phonopy — Phonopy v.2.37.1) عبارة عن مجموعة أدوات Python لحساب هياكل نطاق الفونون، والخصائص الحرارية، وسرعات المجموعة، والكميات الأخرى المرتبطة بالفونون على المستويات التوافقية وشبه التوافقية.
محتوى البرنامج التعليمي
في هذا البرنامج التعليمي، سنستخدم نصًا تلقائيًا لإظهار عملية حساب طيف الفونون لحقل قوة التعلم الآلي. من خلال هذا البرنامج التعليمي، سوف تتعلم العملية الأساسية لحساب طيف الفونون باستخدام حقول قوة التعلم الآلي:
- تحضير بنية الخلية الفائقة لاختلاف الاضطراب
- ضبط معلمات مجال قوة التعلم الآلي وحساب الطاقة الكلية لجميع الهياكل
- حساب مصفوفة ثابت القوة
- احسب طيف الفونون من مصفوفة ثابت القوة
ملف الإدخال
ملف الإدخال يحتوي على
├── POSCAR-unitcell
├── clean.sh
├── run.sh
└── run_vasp.sh
├── pt
│ ├── INCAR
│ ├── KPOINTS
│ ├── ML_FF
│ └── POTCAR(需自行上传)
وحدة خلية POSCAR
Si #硅结构
5.38930000000000
0.0000000000000000 0.5071343999939496 0.5071343999939496
0.5071343999939496 0.0000000000000000 0.5071343999939496
0.5071343999939496 0.5071343999939496 0.0000000000000000
2
Direct
0.8750000000000000 0.8750000000000000 0.8750000000000000
0.1250000000000000 0.1250000000000000 0.1250000000000000clean.sh
#!/bin/bash
rm -r *.yaml band.pdf band.yaml FORCE_SETS vasp poscar *out SPOSCAR
# 删除不必要文件تشغيل.sh
#!/bin/bash
rm -r vasp poscar
#准备微扰差分超胞结构
##########################
phonopy -d --dim 2 2 2 --pa auto -c POSCAR-unitcell
mkdir poscar
mv POSCAR-unitcell pp
mv POSCAR-* poscar/
##########################
#计算所有结构的总能
##########################
mkdir vasp
cd vasp
Pnum=$(ls -l ../poscar/ -IR | grep "^-" | wc | awk -F ' ' '{print $1}')
cp ../run_vasp.sh .
t_head="for i in {1.."
t_tail="}"
sed -i "3c ${t_head}${Pnum}${t_tail}" run_vasp.sh #生成vasp计算脚本
./run_vasp.sh
##########################
cd ../
mv pp POSCAR-unitcell
#计算力常数矩阵
##########################
phonopy -f vasp/*/vasprun.xml > pfcout
##########################
#根据力常数矩阵计算声子谱
##########################
phonopy-load --band "0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.625 0.25 0.625, 0.375 0.375 0.75 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5" --band-labels "Γ X K K Γ L" -p -s
##########################
تشغيل_vasp.sh
#!/bin/bash
#计算 vasp 流程自动脚本
for i in {1..8}
do
rm -r $i
mkdir $i
cd $i
ii=$(printf "%03d" $i)
cp ../../poscar/POSCAR-${ii} POSCAR
cp ../../pt/* .
mpirun -n 1 vasp_std
cd ../
doneالملفات الموجودة في المجلد pt
حساب INCAR القياسي الثابت
ISTART = 1 (若有波函数、读取波函数)
ISPIN = 1 (非极化计算)
Static Calculation
ISMEAR = 0 (高斯占据)
SIGMA = 0.05 (高斯展宽)
NELM = 60 (最大电子步)
EDIFF = 1E-08 (SCF 收敛精度)
إعدادات مجال قوة التعلم الآلي
ML_LMLFF = T (使用机器学习力场)
ML_ISTART = 2 (仅预测模式)KPOINTS (لا يتم استخدامها عند تمكين التعلم الآلي، فقط قم بتعيين نقطة واحدة)
K-Spacing Value to Generate K-Mesh: 0.040
0
Gamma
4 4 4
0.0 0.0 0.0بوتكار
التركيبة الكاذبة المحتملة للعناصر المقابلة للنظام، هنا هي الكاذبة المحتملة للسيليكون
ML_FF
ملف معلمات مجال قوة التعلم الآلي المقابلة للنظام المدرب مسبقًا. بالنسبة لعملية التدريب المحددة، يرجى الرجوع إلى مجال قوة التعلم الآلي لـ Siدرس تعليمي.
ابدء
1. استنساخ الحاوية
ابحث عن دليل عمل البرنامج التعليمي واستنسخ الحاوية
2. إعداد الحاوية
选择 4090 — 按量付费 — vasp 6.3.0-cuda11.8 — 工作空间
加载完毕后打开工作空间
打开终端
上传准备好的硅赝势，可以使用官网例子里的赝势 POTCAR 放到目录中
3. قم بتثبيت بيئة phonopy
conda install -c conda-forge phonopyثم أدخل y واضغط على Enter للموافقة على التثبيت
4. قم بتشغيل البرنامج النصي
chmod 777 *.sh
./run.sh5. عرض طيف الفونون
عرض الملف band.pdf
