Hannes Stark Felix Faltings MinGyu Choi Yuxin Xie† et al

要約

本研究 introduces BoltzGen という、あらゆるモダリティのタンパク質およびペプチドを設計するための全原子生成モデルを提案する。このモデルは、広範な生体分子標的と結合可能なタンパク質・ペプチドを設計することを目的としており、標的-結合体相互作用に関する強固な構造的推論能力を生成設計プロセスに組み込んでいる。これは、設計と構造予測を統合することで実現され、単一のモデルで最先端の折りたたみ性能にも達している。BoltzGen の生成プロセスは、共有結合、構造制約、結合部位などに対する柔軟な設計仕様言語により制御可能である。本研究では、26の標的に対して機能性および親和性の読み取りを含む、合計8つの多様な実験室（ウェットラボ）設計キャンペーンを通じて、これらの能力を実証した。実験対象はナノボディからジスルフィド結合ペプチドまで多様な結合体モダリティをカバーしており、無秩序構造を示すタンパク質から小分子まで幅広い標的を含んでいる。例えば、既知の結合構造を持つタンパク質と低い類似性を示す9つの新規標的に対して、それぞれ15種類のナノボディおよびタンパク質結合体設計を評価した。両モダリティにおいて、66％の標的に対してナノモルレベルの結合体を獲得した。本研究では、モデル重み、データ、および推論コードを公開する。