要約
たんぱく質は通常、複合体として存在し、他のたんぱく質や生物分子と相互作用しながら特定の生物学的役割を果たします。単鎖たんぱく質モデリングに関する研究は広範かつ深く進められており、ESMシリーズやAlphaFold2などのモデルにおいて進歩が見られています。これらの発展にもかかわらず、多鎖たんぱく質の研究とモデリングは未だ十分に解明されておらず、生物学的機能の理解には不可欠です。このような相互作用の重要性を認識し、私たちはAPM（全原子レベルのたんぱく質生成モデル）を導入します。このモデルは特に多鎖たんぱく質のモデリングのために設計されており、原子レベルの情報を統合し、多鎖たんぱく質に関するデータを活用することで、鎖間相互作用を正確にモデリングし、結合能力を持つたんぱく質複合体をゼロから設計することが可能です。また、多鎖たんぱく質の折り畳みと逆折り畳みタスクも行います。さらに、APMは下流応用における柔軟性も示しており、監督付きファインチューニング（SFT）を通じて性能向上を達成しつつ、特定のタスクではゼロショットサンプリングもサポートし、最先端の結果を得ています。私たちのコードはhttps://github.com/bytedance/apm で公開されています。