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分子構造情報を利用した薬物相互作用の抽出強化

Masaki Asada; Makoto Miwa; Yutaka Sasaki

概要

我々は、外部の薬物分子構造情報を利用してテキストから薬物-薬物相互作用(Drug-Drug Interactions: DDIs)を抽出する新しい神経ネットワーク手法を提案します。この手法では、テキスト上の薬物ペアを畳み込みニューラルネットワーク(Convolutional Neural Networks: CNNs)で符号化し、その分子ペアをグラフ畳み込みニューラルネットワーク(Graph Convolutional Networks: GCNs)で符号化します。その後、これらの2つのネットワークの出力を結合します。実験において、GCNsが薬物の分子構造から高精度でDDIsを予測できることを示し、分子情報がDDE2013共有タスクデータセットでのF値を2.39ポイント向上させることで、テキストベースのDDI抽出を強化できることが確認されました。


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