TandemMod 転移学習モデル研究で使用されるデータセット

このデータセットには「転移学習により、ナノポア ダイレクト RNA シークエンシングを使用して複数の種類の RNA 修飾の同定が可能になります研究に使用される関連データセット。各ファイルには対応するコードがあり、具体的な内容は次のとおりです。

この研究で使用された公開された DRS データセットは、国立バイオテクノロジー情報センター (NCBI) のノボア研究所での研究から得られたものです。 GSE124309 、 PRJNA563591 、そしてIntawat Nookaewの作品、いいえ。 SRP166020 (このデータセットにはまだ提供されていません)。

この研究で使用したいくつかのヒト細胞株の DRS データは、欧州ヌクレオチド アーカイブ (ENA) のシンガポール ナノポア発現プロジェクトからアクセッション番号で公開されています。 PRJEB44348 (このデータセットにはまだ提供されていません)。米m ⁶ A-seq データは、Gene Expression Omnibus (GEO) から取得され、番号が付けられています。 GSE135549 。ヒト HEK293T 細胞株の m6ACE-Seq および miCLIP データは、以下の GEO データベースで入手できます。 GSE124509 そして GSE63753 。ヒト K562 細胞株の MeRIP-seq は、以下の GEO データベースで入手できます。 GSE205709 。 4 つの in vitro エピトランスクリプトーム (IVET) データ セット、合成配列からの 2 つの IVT データ セット、および ONT 直接 RNA シーケンスによって生成された 2 つのイネ データ セットが、次の番号で GEO データベースに寄託されています。 GSE227087 。