Google Antigravity accélère la recherche d'AMP
Google a présenté une approche utilisant Antigravity et le modèle ProtNLM pour accélérer la recherche de peptides antimicrobiens, notamment de bactériocines, alors que l’antibiorésistance menace la santé publique avec une mortalité estimée à 10 millions de décès annuels d’ici 2050. L’outil exploite l’explosion des données génomiques et métagénomiques pour fouiller des séquences protéiques encore non caractérisées, souvent considérées comme la matière sombre des bases de données comme UniProt. Entraîné à interpréter les régularités évolutives des séquences d’acides aminés, ProtNLM peut prédire directement la fonction biologique à partir de séquences brutes et proposer des candidats plausibles enrichis de libellés fonctionnels à haute confiance. L’exemple mis en avant concerne un peptide de Streptococcus pseudopneumoniae. L’équipe précise que ce candidat n’est pas une découverte thérapeutique immédiate, mais un point de départ biologique plausible, soutenu par des indices structuraux et génomiques, nécessitant encore une validation expérimentale. Google Antigravity intègre en outre un Biomolecular Structure Viewer, un visualiseur tridimensionnel connecté à la base de données AlphaFold et aux prédictions locales. Cette interface permet à un chercheur et à un agent collaboratif de travailler sur une structure partagée. L’agent peut mettre en évidence des régions fonctionnelles pour justifier ses hypothèses, tandis que les annotations visuelles du chercheur, comme des résidus sélectionnés ou des notes sur une poche de liaison, alimentent à leur tour le raisonnement de l’agent. Selon Google, cette méthode réduit le temps consacré à des recherches fragmentées dans des bases de données en permettant une exploration interactive plus ciblée. Elle pourrait aider les scientifiques à élargir les cribles aux microbes environnementaux et à d’autres pathogènes prioritaires, mais l’objectif affiché reste d’assister la recherche expérimentale, non de remplacer la validation biologique.
