Une équipe de chercheurs de l'EMBL de Hambourg, de l'Institut de pharmacologie moléculaire FMP à Berlin et de la Charité a réussi à cartographier avec une précision inédite la manière dont le virus de la grippe A réorganise l'intérieur des cellules humaines infectées. Publiée récemment dans la revue Nature Microbiology, cette étude marque une avancée majeure en biologie structurale et en virologie. Jusqu'à présent, l'analyse des interactions entre les protéines virales et cellulaires nécessitait de détruire la cellule, ce qui risquait de fausser les résultats en créant des contacts artificiels ou en perdant des liaisons fragiles. Pour contourner ce problème, l'équipe dirigée par Jan Kosinski, et intégrant les expertises de Boris Bogdanow et Fan Liu, a développé une méthode combinant la spectrométrie de masse par réticulation croisée adaptée aux cellules intactes et des modèles structurels informatiques basés sur une version modifiée d'AlphaFold. Cette approche permet d'observer les interactions dans leur contexte naturel, en capturant des liaisons éphémères et localisées précisément dans les compartiments cellulaires. Les résultats révèlent deux stratégies clés utilisées par le virus pour détourner la machinerie cellulaire. Premièrement, l'hémagglutinine, une protéine de surface responsable de la fixation à la cellule hôte, est prise en charge par le réseau de transport intracellulaire. L'étude a identifié plusieurs protéines hôtes, dont certaines aux fonctions jusqu'alors inconnues, qui aident à plier et modifier correctement cette protéine virale. Deuxièmement, l'infection provoque la dissolution systématique de structures nucléaires appelées paraspeckles. Cette rupture libère des protéines liant l'ARN que le virus exploite ensuite pour sa réplication. Selon les chercheurs, menant ce travail avec Iuliia Kotova, cette manipulation affaiblit également les mécanismes de défense antivirale et de réponse au stress cellulaire. Cette cartographie détaillée des contacts directs entre le virus et l'hôte ouvre de nouvelles perspectives pour la conception de traitements et de vaccins contre la grippe, qui touche jusqu'à cinq millions de personnes et en tue près de 650 000 chaque année dans le monde. Les auteurs insistent sur la polyvalence de leur méthodologie. En combinant l'analyse des interactions cellulaires, la modélisation structurelle et la biologie cellulaire ciblée, cette approche pourrait être étendue à d'autres agents pathogènes, notamment les souches à potentiel pandémique comme le virus H5N1. Cette découverte positionne la recherche virologique sur une voie plus précise pour comprendre et contrer les mécanismes d'infection dans des conditions physiologiques réalistes.