Différentes représentations du même concept apparaissent fréquemment dans les rapports et publications scientifiques. La normalisation des entités (ou lien d'entités) consiste à associer ces différentes représentations à leurs concepts standard. Dans cet article, nous présentons une méthode en deux étapes basée sur un ensemble de réseaux de neurones convolutifs (CNN) pour normaliser les entités liées à la microbiologie dans des textes libres vers des concepts figurant dans des dictionnaires standard. Cette méthode est capable de lier les entités même lorsque seules de petites corpora biomédicaux spécifiques à la microbiologie sont disponibles pour l'entraînement, et a obtenu des performances raisonnables lors du test en ligne de la tâche partagée BioNLP-OST19, Bacteria Biotope.