Amber est un logiciel de dynamique moléculaire (MD), initialement conçu par Peter Kollman, son laboratoire et leurs collaborateurs, destiné à la simulation de systèmes biomoléculaires. Le module pmemd est disponible sous forme de version séquentielle pour unités centrales (CPU), ainsi que sous des versions pour unités de traitement graphique (GPU) NVIDIA et Advanced Micro Devices (AMD), ainsi que sous forme de versions parallèles utilisant l’interface de passage de messages (MPI). Parmi ses fonctionnalités avancées figurent l’intégration thermodynamique, la dynamique moléculaire à échange de répliques et les méthodes de dynamique moléculaire accélérée. Ce document d’application présente un bref aperçu des mises à jour récentes apportées au logiciel ainsi que des nouvelles fonctionnalités ajoutées.