Dieser Datensatz enthält Transkriptom-Expressionsdaten von 7.930 Einzelzellen aus drei verschiedenen biologischen Zuständen: gesunde Immunantwort, flüssiger Tumor (myeloische Leukämie) und solides Tumormikromilieu (Melanom). Ziel ist die Entwicklung eines Benchmarks für die kohortenübergreifende, integrierte Einzelzellanalyse. Dieser Benchmark dient der Bewertung der Algorithmenleistung und dem methodischen Vergleich, der Korrektur von Batch-Effekten in mehreren Kohorten, der Analyse des Immunerschöpfungszustands und der Identifizierung tumorübergreifender Biomarker.

Datensatzzusammensetzung:
1. Kohorte A: Gesunde Immun-Ausgangslage (ca. 2.700 Zellen)

• Quelle: 10x Genomics PBMC3k
• Biologischer Hintergrund: Periphere mononukleäre Blutzellen (PBMCs) von gesunden Spendern wurden als Basiskontrolle für die Immunhomöostase verwendet.
• Ziel: Vergleich der Veränderungen des tumorassoziierten Immunstatus.

2. Kohorte B: Flüssiger Tumor/myeloische Leukämie (ca. 2.730 Zellen)

• Quelle: Paul et al., 2015
• Biologischer Hintergrund: Einzelzell-Transkriptomdaten von myeloiden Vorläuferzellen und leukämiebezogenen Zellzuständen
• Funktion: Stellt ein Modell hämatologischer Malignome dar

3. Kohorte C: Mikroumgebung solider Tumoren (ca. 2.500 Zellen)

• Quelle: Tumor Immune Cell Atlas (TICAtlas)
• Biologischer Hintergrund: Immunzellen und maligne Zellen, die aus der Mikroumgebung solider Tumore wie Melanomen stammen, einschließlich erschöpfter T-Zellen, Makrophagen und Tumorzellen.
• Anwendung: Wird zur Untersuchung der Immunsuppression und der zellulären Heterogenität in soliden Tumoren eingesetzt.