UniSim：一种用于生物分子时间粗粒化动力学的统一模拟器

分子动力学（MD）模拟对于理解分子系统的原子水平行为至关重要，可以提供关于其转变和相互作用的深刻见解。然而，经典的MD技术在准确性和效率之间存在权衡，而近年来基于深度学习的改进主要集中在单一领域的分子上，缺乏对未知分子系统的可迁移性。因此，我们提出了一种统一模拟器（UniSim），该模拟器利用跨域知识来增强对原子相互作用的理解。首先，我们采用多头预训练方法从大量多样化的分子数据中学习统一的原子表示模型。然后，基于随机插值框架，我们从MD轨迹中学习长时间步长的状态转换模式，并引入了一个力引导模块以快速适应不同的化学环境。实验结果表明，UniSim在小分子、肽和蛋白质上均表现出极具竞争力的性能。