UniMoMo：用于从头粘合剂设计的 3D 分子统一生成建模

靶向特异性分子（例如小分子、肽和抗体）的设计对于生物学研究和药物发现至关重要。现有的生成方法仅限于单域分子，无法满足多种治疗需求或利用跨域可迁移性来提升模型性能。本文介绍了三维分子统一生成建模（UniMoMo），这是第一个能够使用单一模型设计多分子域结合物的框架。具体而言，UniMoMo将不同分子的表示统一为块图，其中每个块对应于一个标准氨基酸或一个分子片段。随后，UniMoMo利用几何潜在扩散模型进行三维分子生成，采用迭代全原子自编码器将块压缩为潜在空间点，然后进行E(3)等变扩散过程。在肽、抗体和小分子领域的广泛基准测试证明了我们统一框架优于现有领域特定模型，凸显了多领域训练的优势。