Polaratio: 크기 조건부 단조적 상관 계수 지표 및 단일세포 RNA 시퀀싱 클러스터링에 대한 개선

동기: 단일세포 RNA 시퀀싱(scRNA-seq) 기술과 분석 도구는 세포와 유전자 간의 역할 및 관계에 대해 매우 세밀한 이해를 가능하게 하였다. 그러나 기존의 거리 측도, 예를 들어 유클리드 거리, 피어슨 상관계수, 스피어만 상관계수 등은 유전자 발현 데이터의 고차원성, 단조성(monotonicity), 그리고 크기(magnitude)를 동시에 고려하지 못하는 한계를 가지고 있다. 이러한 일반적으로 사용되는 측도의 여러 단점을 보완하기 위해, 우리는 유전자 발현 데이터의 크기에 따라 단조성을 조절하는 새로운 상관관계 측도인 'Polaratio'를 제안한다. 이는 scRNA-seq 데이터 분석의 품질을 향상시키는 것을 목적으로 설계되었다.결과: 우리는 단일세포 공감 클러스터링(SC3), 계층적 클러스터링(HC), K-메이드로이드(KM) 등 세 가지 최신의 해석 가능한 클러스터링 알고리즘을 공통 클러스터링 절차를 통해 통합하였으며, 다양한 생물학적 데이터셋을 대상으로 Polaratio의 성능을 평가하여 여러 잘 알려진 측도와 비교하였다. 그 결과, 공개된 7개 데이터셋 중 5개에서 Polaratio가 세포 클러스터링 정확도를 향상시킬 수 있음을 입증하였다.공개 여부: https://github.com/dubai03nsr/Polaratio문의처: pcicalese{at}uh.edu