전체 원자 생성 모델을 이용한 단백질 복합체 설계

단백질은 일반적으로 복합체 형태로 존재하며, 다른 단백질이나 생물분자와 상호작용하여 특정 생물학적 역할을 수행합니다. 단일 체인 단백질 모델링에 대한 연구는 깊이 있게 탐구되어 왔으며, ESM 시리즈와 AlphaFold2 같은 모델에서 발전이 이루어졌습니다. 그러나 이러한 발전에도 불구하고, 다중 체인 단백질의 연구와 모델링은 여전히 대부분 미개척 상태에 있으며, 이는 생물학적 기능을 이해하는 데 매우 중요합니다. 이러한 상호작용의 중요성을 인식하고, 우리는 다중 체인 단백질을 위한 특화된 모델인 APM (all-Atom Protein generative Model)을 소개합니다. APM은 원자 수준 정보를 통합하고 다중 체인 단백질 데이터를 활용하여, 체인 간 상호작용을 정확하게 모델링하고 결합 능력을 가진 단백질 복합체를 처음부터 설계할 수 있습니다. 또한, APM은 다중 체인 단백질의 폴딩과 역폴딩 작업도 수행할 수 있습니다. 더욱이, APM은 하류 응용 분야에서 유연성을 보여줍니다: 감독 학습 미세 조정(Supervised Fine-Tuning, SFT)을 통해 성능 향상을 달성하면서도 일부 작업에서는 제로샷 샘플링(zero-shot sampling)을 지원하여 최신 결과를 얻고 있습니다. 우리의 코드는 https://github.com/bytedance/apm에서 공개되었습니다.