Une vaste enquête systématique révèle des caractéristiques moléculaires récurrentes des réponses anticorps publiques contre le SARS-CoV-2

La recherche mondiale menée pour combattre la pandémie de COVID-19 a permis l’isolement et la caractérisation de milliers d’anticorps humains dirigés contre la protéine spike du SARS-CoV-2, offrant une opportunité sans précédent d’étudier la réponse anticorps à un antigène unique. En s’appuyant sur les informations tirées de 88 publications scientifiques et de 13 brevets, nous avons constitué un jeu de données comprenant environ 8 000 anticorps humains ciblant la protéine spike du SARS-CoV-2 issus de plus de 200 donneurs. En analysant l’utilisation des gènes V et D des immunoglobulines, les séquences des régions déterminantes de complémentarité H3 et les mutations somatiques, nous avons démontré que les réponses (publiques) communes dirigées contre différentes domaines de la protéine spike étaient très différentes. Nous avons ensuite utilisé ces séquences pour entraîner un modèle d’apprentissage profond capable de distinguer avec précision les anticorps humains dirigés contre la protéine spike du SARS-CoV-2 de ceux dirigés contre la protéine hémagglutinine de la grippe. Globalement, cette étude constitue une ressource informative précieuse pour la recherche sur les anticorps et approfondit notre compréhension moléculaire des réponses anticorps publiques.