앰버(AMBER)는 생분자 시스템을 시뮬레이션하기 위해 피터 콜먼(Peter Kollman) 및 그 연구팀과 협력자들이 처음 개발한 분자역학(Molecular Dynamics, MD) 소프트웨어 패키지이다. pmemd 모듈은 중앙처리장치(CPU)용 시리얼 버전과 NVIDIA 및 암드(AMD) 그래픽처리장치(GPU)용 버전, 그리고 메시지 전달 인터페이스(Message Passing Interface, MPI) 기반 병렬 버전으로 제공된다. 고급 기능으로는 열역학적 통합(thermodynamic integration), 리플리카 교환 MD(replica exchange MD), 가속화된 MD(accelerated MD) 등이 포함되어 있다. 본 응용노트에서는 소프트웨어의 최신 업데이트 사항 및 최근 추가된 기능에 대해 간략히 설명한다.