AutoDock-GPU_Output은 AutoDock-GPU를 실행하여 생성된 샘플 도킹 출력 로그(.dlg)입니다. 결합 에너지, 형태 클러스터링, 최종 리간드 태도 등의 정보가 포함되어 있습니다. 도킹 결과 분석을 위한 참조 데이터셋으로 사용되며, 결과 분석을 학습하고 환경 구성이 정상인지 확인하는 데 사용할 수 있습니다.

관련 논문 결과는 다음과 같습니다.GPU 및 그래디언트 기반 로컬 검색을 사용하여 AutoDock4 가속화", Diogo Santos-Martins 등이 2021년에 출판.

AutoDock-GPU는 AutoDock 4.2의 GPU 가속 버전입니다. 유전자 알고리즘을 병렬화하여 분자 도킹 속도를 향상시키고, 기존 CPU 연산 대비 10~50배의 성능 향상을 달성합니다. 가상 약물 스크리닝 및 단백질-리간드 결합 모드 예측에 널리 사용됩니다.

이 제품의 특징은 다음과 같습니다.

• CUDA, OpenCL, SYCL을 지원하고 NVIDIA/AMD/Intel GPU 및 멀티코어 CPU와 호환됩니다.
• ADADELTA 및 Solis-Wets와 같은 로컬 검색 방법을 지원합니다.
• 일괄 가상 필터링 및 자동 검색 중지 전략을 지원합니다.
• 일반적으로 약물 설계 연구와 슈퍼컴퓨팅 성능 벤치마킹에 사용됩니다.

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데이터 세트는 다음에 저장됩니다. examples/output 가운데:

examples/output/
├── ocladock_cpu_1stp_nrun100.dlg
├── ocladock_cpu_3ce3_nrun100.dlg
├── ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
└── ocladock_gpu_3ce3_nrun100.dlg

파일 이름 설명

| 文件名片段 | 含义说明 |
|---|---|
| `cpu` / `gpu` | 运行所使用的硬件设备类型 |
| `1stp` / `3ce3` | 对接所用的测试蛋白-配体体系名称 |
| `nrun100` | 运行的 LGA 对接轮数（如 100 次搜索）|

예:
ocladock_gpu_1stp_nrun100.dlg
이는 GPU를 사용하여 1stp 아키텍처에서 100번의 도킹 검색이 수행되었음을 나타냅니다.

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콘텐츠 설명

이 파일에는 다음을 포함하여 AutoDock-GPU의 전체 실행 결과가 기록됩니다.

| 内容模块 | 说明 |
|---|---|
| 运行参数与搜索设置 | 遗传算法参数、局部优化算法、变异率等 |
| 结合能与评分 | 包含预测的结合自由能（Binding Energy）|
| 构象聚类分析 | 根据 RMSD 对所有构象进行聚类结果列表 |
| 最优构象坐标 | 最终配体坐标，可用于可视化展示 |

.dlg 일반 텍스트 형식이므로 직접 열어서 볼 수 있습니다.

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사용 방법

필요	방법 및 명령
도킹 에너지 확인	직접 less file.dlg 또는 텍스트 편집기로 엽니다
최적의 형태 추출(PDBQT)	런타임 도킹 중 추가 --gbest 1
시각화를 위해 PDB로 변환	obabel pose.pdbqt -O pose.pdb
리간드 자세의 시각화	PyMOL / Chimera / AutoDockTools 사용